行政确认行为是指“当事人对自然资源的权属发生争议后，行政机关对争议的自然资源的所有权或者使用权所作的确权决定。有关土地等自然资源所有权或者使用权的初始登记，属于行政许可性质，不应包括在行政确认范畴之内”。可见，行政确权与不动产登记不可混为一谈，只有在初始登记过程中发生的权属争议适用《森林法》规定，行政确权为法定前置程序。
自然资源总登记后，因具体物权变动引发的纠纷不属于权属争议，并不要求行政确权前置。“土地权属争议是指土地登记前，土地权利利害关系人因土地所有权和使用权的归属而发生的争议。土地登记发证后已经明确了土地的所有权和使用权，土地登记发证后提出的争议不属于土地权属争议。”农村土地承包经营权争议案件、土地侵权案件不作为土地权属争议案件受理。此处的土地，包括林地。
只有当事人之间的权属争议是因人民政府进行初始登记引起时，才能认为与行政确权有关，否则就不能要求行政确权前置；当事人取得权利后的交易过程中，登记机构所进行的登记发证行为不属于行政确权行为，因交易行为引发的林权归属、内容争议属于当事人之间的民事纠纷，应由人民法院主管。
根据有关数据，集体所有林地中已确权面积达97%。实践中大多数自然资源确权决定是在初始登记前作出，但有少数情形系初始登记后因存在重复登记等原因又进行了二次确权。绝大多数林地、林木的物权归属、内容争议案件，不属于《森林法》规定的权属争议案件，而属于民事案件。从正反两方面分别规定，当事人因作为物权变动原因的民事行为，对林地林木的物权归属、内容产生争议，行使物权确认请求权的，人民法院应当作为民事案件依法受理；当事人因对行政机关作出的林地林木确权、登记行为产生争议，提起民事诉讼的，人民法院要告知其依法通过行政复议、行政诉讼程序解决。此处对受理强调了“依法”的要求，依法不应由人民法院直接受理的案件，或者不应当作为民事案件受理的案件，应告知当事人另寻其他途径解决。
