有观点认为，《农村土地承包法》规定的发包方对承包方的补偿适用于“土地生产能力提高”的情形；承包方对受让方的补偿适用于“改良土壤、建设农业生产附属、配套设施”等情形，且该条规定的是“按照合同约定”进行合理补偿；承包人对承租人的补偿也适用于“提高土地生产能力的投入”。林地经营权人主张对林木价值进行补偿似乎于法无据。
实践中这一问题比较复杂：第一，林地经营权流转合同终止的原因比较复杂，既可能是履行完毕终止，也可能是解除终止；既可能是有利于承包方的终止，也可能是有利于林地经营权人的终止。
第二，合同终止时林地经营权人地上种植的林木情况比较复杂，既可能是已接近轮伐期，很快就可以通过行使采伐权取得木材，也可能是刚刚种植不久，距离成材时日尚远；既可能所种植系名贵林木，价值不菲，也可能只是普通速生林，经济价值不大。
第三，林地经营权人对林地、林木投入情况比较复杂，既可能是精心管护，投入巨大，也可能是疏于管理，投入微薄；既可能是单一林木栽种，也可能是多种经营方式并举。
第四，承包方对林地经营权人所种植林木的态度比较复杂，既可能该林木亦是承包人所需，可做后续利用，也可能不仅林木非承包方所需，反而因其未届轮伐期或者无法取得采伐许可证而严重影响承包方对林地的后续利用。以上复杂情况，不一而足。
如果一概不允许林地经营权人请求对所种植林木价值予以补偿，恐怕无法应对实践当中的上述复杂情况。特别是在很多情形下，如合同之终止有利于承包方，且经营方所种植林木已届轮伐期，倘若林地经营权人无法取得林木价值补偿，双方当事人的权利义务显然失衡，有违《民法典》所规定之公平原则。如果一味强调要求承包方按照林木市场价值进行补偿，亦可能出现林地经营权人不顾流转合同剩余期限，盲目种植生长期长的林木，合同到期后便要求承包方“买断”的不公平结果，甚至存在林地经营权人恶意种植名贵树种的道德风险。
基于上述考虑，对于林地经营权人提出的林木价值补偿的合理请求，人民法院予以支持。如何判断请求是否“合理”，以及是否对该合理请求“予以支持”，均委诸人民法院根据个案具体情况，综合考虑前文所述的复杂情况予以公平裁量。
总之，林地经营权流转合同终止时，林地经营权人所种植地上林木应当如何处理是一个非常复杂的实务问题。虽然明确了三条基本规则，但是仍然有赖于人民法院结合我国的森林管理制度、林木生长发育规律、林业生产经营特点、林木所有权特性等复杂因素，不断将审视的目光往返于《民法典》《森林法》《农村土地承包法》等民法、经济法、行政法之间，根据案件的具体情况作出合理认定与判断，努力实现林地发包方、承包人与经营方之间的权利义务相平衡。
