合同可以因履行、解除等法律规定或当事人约定的原因而终止。除了适用一般典型合同的终止事由以外，由于合同标的的特殊性，林地经营权流转合同的终止也有一些特殊之处。比如，为了稳定受让方的林业生产经营预期，维护林地经营流转秩序的安定，《农村土地承包法》对土地经营权流转合同中的承包方的单方合同解除权进行了限制，即原则上承包方不得解除土地经营权流转合同，但受让方具有擅自改变土地的农业用途、弃耕抛荒连续两年以上、给土地造成严重损害或者严重破坏土地生态环境，以及其他严重违约行为等情形的除外。
《农村土地承包法》规定了土地经营权人具有规定的情形而承包方在合理期限内不解除土地经营权流转合同的，发包方有权要求终止土地经营权流转合同。这一规定实际上突破了合同相对性，主要立法目的在于保护土地和土地生态环境。
合同终止意味着合同当事人之间基于合同产生的权利和义务关系消灭，但是合同当事人之间并不因此不再产生任何合同上的联系。一方面，根据合同内容以及合同终止原因，合同当事人可能还需进行与合同内容有关的结算与清理。合同终止后，合同双方当事人还应当遵循诚实信用等原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密、旧物回收等后合同义务。在林地经营权流转合同中，土地经营权的流转“不得改变土地所有权的性质和土地的农业用途，不得破坏农业综合生产能力和农业生态环境”。
同时参照农业农村部《农村土地经营权流转管理办法》规定的精神，林地的经营权流转不得改变林地的集体所有权性质及其林业用途，而应当以“林地林用”为基本原则。生产林木是林地的基本用途，林木是林地的重要产品。林地经营权流转合同终止时，无论是基于履行合同本身的需要，还是基于合同结算与清理的需要，抑或履行后合同义务的需要，对于林地经营权流转中林地经营权人所种植的地上林木，都应当作出妥当处理。
