宅基地制度是农村集体经济组织提供给本集体农民的保障性住房的土地使用制度。宅基地使用权不仅是简单的农村集体经济组织成员权利的体现，还是农村集体经济组织制度和农村集体土地所有制的重要组成部分，将资格权从宅基地使用权抽离出来的宅基地三权分置设计存在以下障碍。
传统上认为我国继受大陆法系的制度，已建立较为完善的法律理论体系。物债两分法一直作为大陆法系民法的基石。从宅基地所有权或宅基地使用权分置出资格权，将资格权认定为用益物权、占有权等新式物权，分置出资格权后的宅基地使用权可以不受身份限制等认识，违反了物权的性质和一物一权原则，混淆了物权权能和内容，难以在近代民法上找到法理支撑。
物权法定、宅基地使用权只能由村集体经济组织成员享有是法律的强制性规定，宅基地资格权性质上属于身份权（社员权），应与村集体经济组织成员的认定一致，由当地村集体经济组织审核确认。各地按照中央部署开展农村集体产权制度改革，要明晰农村集体产权归属，落实农民的土地承包权、宅基地使用权、集体收益分配权，农村集体经济组织成员身份确认是基础。
宅基地资格权只是农村集体经济组织成员享有的社员权的一个内容，由不动产登记机构发放不但于法无据，而且混淆了权利性质和内容。在上位法没有改变的情况下，盲目开展分置后宅基地使用权转让容易出现法律风险。
资格权如果是身份性权利，则不可转让，依附于资格权的土地承包权、宅基地使用权、集体收益分配权等财产权利资格理论上也是不可转让的。有观点避开资格权的理论困境，将宅基地使用权在流转过程中分置为两类权利，在宅基地使用权上设立次级用益物权，包括地上权和建设用地使用权两类观点。但这种模式相当于一物之上有两个他物权同时存在，这两种物权都有占有使用收益的权能，违反了一物一权的法理，实践中必将起冲突。
另外分置前后的宅基地使用权如何在社会上予以公示借以保障交易安全，如何认识同一宅基地使用权却有不同的权利内容和限制。物权法定和不动产登记的制度设计就是为了交易当事人对于其交易的对象无须反复调查即可得知其内容，有助于降低交易成本，维护交易安全。如果宅基地使用权同一名称权利内容却不相同，不但失去物权公示的本意，也将导致群众认知成本增加，制度执行成本增加。
