争议比较大的是资格权。文件表述的是宅基地农户资格权，地方实务及登记中大多称为“宅基地资格权”。文件没有明确界定资格权的内涵，其权利性质、内涵、能否流转继承、能否登记发证等尚在探讨中。
实践中有两种做法：以浙江义乌、德清为代表，将资格权界定为符合条件的村集体经济组织成员申请取得宅基地的资格，由乡（镇）政府为农民登记宅基地资格权证或集聚建设置换权益凭证；以浙江象山、安徽旌德、四川崇州为代表，将资格权视为从宅基地所有权或宅基地使用权中分离出来的权利，由不动产登记机构向村民颁发宅基地资格权证，向经营方颁发宅基地使用权证。但浙江象山等地都提到，宅基地资格权的权利性质不明确，能否由登记机构登记发证存在疑问，后续登记发证都停滞下来。
当前各界对资格权的性质认识不一，物权说、占有说、身份权说等不一而足。有观点是资格权作为从宅基地所有权分割出来的占有权或物权，笔者认为，从所有权的意义和性质上看，这种说法是不成立的。近代民法体系建立起的所有权，是对标的物全面和整体支配的物权。所有权对标的物虽然有占有、使用、收益及处分等各种支配权能，但并非这些权能的集合，而是浑然一体的单一权利，学理称为所有权的整体性（单一性）。
基于所有权设定的他物权如使用权、地役权，都是将所有权单一内容的一部分予以具体化，由他物权人享有而已。资格权要成为物权，中间隔的不只是物权法定。物权法定是指物权的种类和内容必须由法律规定，但不是所有的权利只要被立法就可以成为物权。物权和债权的区别在于物权人可以直接对物进行支配，任意第三人都不得妨碍物权人的使用。
因此一种权利如果要通过立法成为物权，必须要满足可以被识别，能够直接支配并排除他人干涉。典型的如租赁权，虽然也有买卖不破租赁等物权化的保护措施，甚至可以对抗物权的转移，但由于其不具有直接支配性，需要房东的配合方可使用收益，法学界依然将其作为债权。资格权并非对特定物直接支配并排除他人妨碍的权利，性质上并非物权，只能是一种身份性质的社员权。
权利人因其资格享有该社团或组织内部成员的权利，但需要依法依相关章程提出申请，并得到组织的同意、履行相关手续后方可享有。申请享受宅基地只是农民集体资格权的一部分权益，农民集体资格权还包括享受集体经济组织经营的分红、集体资产的运营收益分配等。另外，农村村民出卖、出租、赠与住宅后，即失去申请宅基地的资格，但依然拥有农民集体资格权。
2019年修正的《土地管理法》新增加一条规定，不能保障一户一宅的地区，县级人民政府可以采取措施，保障农村村民实现户有所居，进一步说明宅基地资格权并非直接享有宅基地的权利，而是要求保障户有所居的请求权。因此宅基地资格权只是一种物权期待权，属于农户资格权的一种，专指农户基于集体成员地位而获得的对申请宅基地请求权的资格。在符合一户一宅等规定的情况下，集体经济组织及当地政府应予以保障，但不得认为是一种物权并纳入不动产登记内容。
