实践中，有的地方和部门不顾国家三令五申，随意向农民伸手，面向农民进行各种收费、集资、罚款和摊派项目多、数额大，严重侵害了农民的合法权益，挫伤了农民的生产积极性，影响了农村社会稳定。针对这种情况，为了避免登记机构利用颁发土地承包经营权证等证书的便利条件，随意提高收费标准或乱收费，侵害农民利益，登记机构颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，除按规定收取证书工本费外，不得再收取其他费用。这样规定，有利于防止登记机构借登记之机乱收费，有利于维护农民的合法权益和农村社会的稳定。
依法保护土地，是指对土地生产能力进行保护，保证土地生态环境的良好性能和质量。合理利用土地，是指承包方在使用土地的过程中，通过科学使用土地，使得土地的利用与其自然的、社会的特征相适应，充分发挥土地要素在生产活动中的作用，以获得最佳的经济、生产、生态的综合效益。永久性损害，是指使土地不再具有生产能力，不能再被利用的损害。
保护土地资源的合理开发和可持续利用，各级人民政府应依法采取措施，全面规划，严格管理、保护、开发土地资源，制止非法占用土地的行为。根据《土地管理法》等法律的规定，各级人民政府应采取以下措施保护和合理利用土地：
依据国民经济和社会发展规划、国土整治和资源环境保护的要求、土地供给能力以及各项建设对土地的需求，组织编制土地利用总体规划。通过编制土地利用总体规划，将土地分为农用地、建设用地和未利用地；严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护。确保本行政区域内耕地总量不减少。
实行基本农田保护制度。各省、自治区、直辖市划定的基本农田应当占本行政区域内耕地的80%以上。征收基本农田必须经国务院批准，地方各级人民政府无权批准征收基本农田。按土地利用总体规划，应采取措施改造中、低产田，整治闲散地和废弃地。应采取有效措施鼓励农民和农村集体经济组织增加对土地的投入，培肥地力，提高农业生产能力。
集体土地的所有人，也就是土地的发包方应采取以下措施保护和合理利用土地，防止永久性伤害：监督承包方依承包合同约定的用途合理利用和保护土地，制止承包方损害承包地和农业资源的行为，如占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼等。如果承包方给承包地造成永久损害，发包方有权制止，并有权要求承包方赔偿由此造成的损失。
执行县、乡（镇）土地利用规划，组织本集体经济组织内的农业基础设施建设，对田、水、路、林、村综合整治，提高耕地质量，增加有效耕地面积，改善农业生产条件和生态环境。维护排灌工程设施，改良土壤，提高地力，防止土地荒漠化、盐渍化、水土流失和污染土地。
切实履行承包合同，保证承包方对土地的投入，培肥地力，提高承包方的农业生产积极性。如耕地的承包期为30年，在承包期内，发包方不得违法收回、调整承包地；在承包期内，承包方交回承包地时，发包方对其在承包地上投入而提高土地生产能力的，应给予补偿。
