第一，市、县级人民政府。房屋征收决定、补偿决定由市、县级人民政府作出。按照“谁行为、谁被告”原则，被征收人对上述两个行政行为不服提起行政诉讼的，应当以市、县级人民政府为被告。
第二，开发区管理机构。《国有土地上房屋征收与补偿条例》没有关于开发区管理机构能否作出房屋征收决定、补偿决定的规定，但实践中，国务院、省级人民政府批准设立的开发区管理机构以自己的名义作出了大量房屋征收决定、补偿决定，实际上相当于市、县级人民政府。对其作出的房屋征收决定、补偿决定不服提起诉讼的，以该开发区管理机构为被告。
但是，对于其他省级以下开发区管理机构作出房屋征收决定和房屋补偿决定，被征收人提起诉讼的，一般应以设立该开发区管理机构的地方人民政府为被告，除非有法律、法规的明确授权。
第三，房屋征收部门。房屋征收部门与被征收人签订补偿协议。被征收人对补偿协议提起诉讼的，房屋征收部门是适格被告。
第四，未登记建筑认定处理部门。“市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理……”被征收人对房屋调查、认定和处理行为提起诉讼的，作出调查、认定和处理的行政机关是适格被告。
