行政复议的管辖是指不同层级、职能、地域的各行政复议机关之间在受理复议案件上的分工。虽然是行政复议机关之间的内部性权限分工，但从相对人来看，行政复议管辖权的划分不仅限制了相对人可以提出复议申请的对象机关，而且，也有可能影响到行政复议的结果。因此，《行政复议法》作出了详细的规定。
对政府工作部门的行为不服的管辖
原则性规定：对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可向上一级主管部门申请行政复议。可见，在原则上，对于政府工作部门的行为不服的复议，具有管辖权的复议机关包括“本级人民政府”与“上一级主管部门”，两者并无先后顺序，由申请人自由选择。
值得注意的是，在《行政复议法》制定之前，某些单行法律、法规规定对于政府工作部门的行为的复议由“本级人民政府”或是“上一级主管部门”中的一者管辖。如《集会游行示威法》规定：“集会、游行、示威的负责人对主管机关不许可的决定不服的，可以自接到决定通知之日起3日内，向同级人民政府申请复议，人民政府应自接到申请复议书之日起3日内作出决定。”对此，应适用《行政复议法》的规定。
例外性规定
对垂直领导体制的政府工作部门的行为不服的管辖。“对海关、金融、国税、外汇管理等实行垂直领导的行政机关和国家安全机关的具体行政行为不服的，向上一级主管部门申请行政复议。”目前我国实行垂直领导的政府工作部门除海关、金融、国税、外汇管理外，还包括工商、质监、土管、烟草、交通、盐业等部门。实行垂直领导体制的行政机关一般都是专业性、技术性要求较强的机关，因此，对其行为进行的行政复议应当由同样具有专业性、技术性条件的上一级主管部门管辖。此外，国家安全机关由于其保密等特殊性，对其行为的行政复议也应当由上一级国家安全机关管辖。
对国务院部门的行为不服的管辖。对国务院部门的具体行政行为不服的，向作出该具体行政行为的国务院部门申请行政复议。对行政复议决定不服的，可向人民法院提起行政诉讼；也可向国务院申请裁决，国务院依照本法的规定作出最终裁决。即由国务院部门自己作为对自己行为进行行政复议的机关，这并不符合“正当程序”中的回避原则。但立法当时的考虑是国务院部门的上一级行政机关是国务院，如果所有对国务院部门行为不服的行政复议都由国务院管辖，则国务院有可能不堪重负，但毕竟由国务院部门自己复议自己行为的合法性和适当性在程序上存在着问题，在结果上也有可能对相对人权益的救济不利。
因此，《行政复议法》采用了折中的办法，即“二级复议制度”，首先由国务院部门进行复议，在申请人对国务院部门的复议决定不服时，可以向国务院申请二次复议，当然申请人也可选择向人民法院起诉，但一旦选择由国务院进行二次复议时，该复议决定就是终局裁定，即不得再提起起诉。
