旧村庄全面改造成本核算标准是旧村全面改造政策体系的核心内容，直接关系到企业的成本、收益问题。广州市机构改革后，原城市更新局大部分职能并入广州市住建局，为了进一步保障旧村庄全面改造成本认定的科学性、规范性、有效性。
旧村改造成本的构成主要包含两个方面：第一，相关政策文件中明确规定可计入改造成本的项目；第二，经政府部门确认，由合作企业支出可纳入改造成本的项目。同时，改造成本的认定对合作企业的利益影响巨大，其影响也主要体现在两个方面：第一，改造成本的认定直接影响到融资地块可开发建设量；第二，改造成本可以按照一定比例抵扣合作企业所需承担的土地增值税。因此，旧改过程中，政府、村集体以及合作企业三方利益博弈的一个重要战场便是旧村改造成本。
征收拆迁、棚户区改造、“三旧”改造之间的异同
“三旧”改造与征收拆迁、棚户区改造在法律依据、改造模式以及流程等诸多方面的不同。土地性质方面的不同。“三旧”改造，尤其是旧村自主改造与合作改造，改造范围内涉及的土地性质多数为农村集体土地。在“三旧”改造实施的过程中，无论是合作改造的市场主体还是政府部门都需要尊重村集体对于集体土地权利的使用及处分。
棚户区改造虽部分涉及城中村改造，但主要的改造对象仍为国有土地上住房简陋、环境较差、安全隐患多的住房。征收拆迁主要根据是否涉及公共利益做出，土地性质进行划分并非做出征收拆迁的上位法依据，只要是出于公共利益的考量且通过合法程序决定征收拆迁，无论是国有土地还是集体土地均应根据相应的补偿标准进行拆迁。
政策法规的适用范围不同。棚户区改造最早于辽宁省开展实施，后推广至全国成为全国性的政策法规。基于公共利益的需要进行的征收拆迁则是土地管理法中明确规定的，具有普遍适用性，并不因地区差异而区别适用。“三旧”改造政策系广东省特有的政策规定，在全国范围内并不具有普遍适用性。除此之外，因“三旧”改造涉及城市发展过程中农村城市化的问题，作为城乡发展探索的“三旧”改造政策也具有一定程度上的探索性。
市场主体的参与程度不同。除去特殊项目的PPP合作模式，征收拆迁涉及的项目开发建设由政府主导，市场主体的参与主要集中在工程方面，如政府通过招投标或购买服务的方式招取社会主体进行拆除、建设。棚户区改造同样主要基于公共利益的考量由政府主导改造、建设，市场主体的参与程度较低。然而，“三旧”改造的市场参与程度要远高于前两者。
农村集体土地所有权归村集体所有，因此，在“三旧”改造中，政策赋予了村集体较大的自主权，村集体可以通过自主改造或合作改造的方式进行项目开发，实际开发建设的项目公司也可以通过协议出让的方式取得土地使用权。由此可见，“三旧”改造政策赋予了市场主体较大的参与空间，更多的市场主体能够通过“三旧”改造政策参与到城市发展、更新的历史进程之中。
