所谓协议出让土地使用权，是指国家以协议方式将国有土地使用权在一定年限内出让给受让方，由受让方向国家支付土地出让金的行为。以协议出让方式出让土地使用权的，应注意以下问题。
1.协议出让方式的适用条件
出让土地使用权，除依照法律、法规和规章的规定应当采用招标、拍卖或者挂牌方式外，可采取协议方式。在公布的地段上，同一地块只有一个意向用地者的，市、县人民政府自然资源行政主管部门方可按照本规定采取协议方式出让；但商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地除外。
同一地块有两个或者两个以上意向用地者的，市、县人民政府自然资源行政主管部门应当按照《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》，采取招标、拍卖或者挂牌方式出让。
2.土地出让金的要求
以协议方式出让土地使用权的出让金不得低于按国家规定所确定的最低价。协议出让最低价不得低于新增建设用地的土地有偿使用费、征地（拆迁）补偿费用以及按照国家规定应当缴纳的有关税费之和；有基准地价的地区，协议出让最低价不得低于出让地块所在级别基准地价的70%。低于最低价时土地使用权不得出让。省、自治区、直辖市人民政府自然资源行政主管部门应当据此拟定协议出让最低价，报同级人民政府批准后公布，由市、县人民政府自然资源行政主管部门实施。
3.土地使用权出让计划的编制与审批分属不同权责机关
市、县人民政府自然资源行政主管部门应当根据经济社会发展计划、国家产业政策、土地利用总体规划、土地利用年度计划、城市规划和土地市场状况，编制土地使用权出让计划，报同级人民政府批准后组织实施。土地使用权出让计划应当包括年度土地供应总量、不同用途土地供应面积、地段以及供地时间等内容。
土地使用权出让计划经批准后，市、县人民政府自然资源行政主管部门应当在土地有形市场等指定场所，或者通过报纸、互联网等媒介向社会公布。因特殊原因，需要对土地使用权出让计划进行调整的，应当报原批准机关批准，并按照前述规定及时向社会公布。
4.提出用地申请应遵循一定的要求
土地使用权出让计划公布后，需要使用土地的单位和个人可以根据土地使用权出让计划，在市、县人民政府自然资源行政主管部门公布的时限内，向市、县人民政府自然资源行政主管部门提出意向用地申请。市、县人民政府自然资源行政主管部门公布计划接受申请的时间不得少于30日。
5.协议出让土地方案由相关部门制订
对符合协议出让条件的，市、县人民政府自然资源行政主管部门会同城市规划等有关部门，依据土地使用权出让计划、城市规划和意向用地者申请的用地项目类型、规模等，制定协议出让土地方案。协议出让土地方案应当包括拟出让地块的具体位置、界址、用途、面积、年限、土地使用条件、规划设计条件、供地时间等。
6.协议出让底价的确定由有权机关负责
市、县人民政府自然资源行政主管部门应当根据国家产业政策和拟出让地块的情况，对拟出让地块的土地价格进行评估，经市、县人民政府自然资源行政主管部门集体决策，合理确定协议出让底价。协议出让底价不得低于协议出让最低价。协议出让底价确定后应当保密，任何单位和个人不得泄露。
7.出让合同的签订应遵循一定的步骤
协议出让土地方案和底价经有批准权的人民政府批准后，市、县人民政府自然资源行政主管部门应当与意向用地者就土地出让价格等进行充分协商，协商一致且议定的出让价格不低于出让底价的，方可达成协议。市、县人民政府自然资源行政主管部门应当根据协议结果，与意向用地者签订出让合同。合同签订后7日内，市、县人民政府自然资源行政主管部门应当将协议出让结果在土地有形市场等指定场所，或者通过报纸、互联网等媒介向社会公布，接受社会监督。公布协议出让结果的时间不得少于15日。
8.取得土地使用权的必备手续
受让方按照出让合同的约定，付清土地出让金、依法办理土地登记手续后，取得土地使用权。
9.改变出让合同约定的土地用途的处理
以协议出让方式取得土地使用权的受让方，需要将出让合同约定的土地用途改变为商业、旅游、娱乐和商品住宅等其他经营性用途的，应当取得出让方和市、县人民政府城市规划部门的同意，签订出让合同变更协议或者重新签订出让合同，按变更后的土地用途，以变更时的土地市场价格补交相应的土地出让金，并依法办理土地使用权变更登记手续。
