对于可能灭失的或者以后难以取得的证据，土地行政主管部门可以采取适当的证据保全措施。土地行政主管部门采用证据保全措施必须符合以下条件：
第一，有证据可能灭失或者以后难以取得的情况出现。例如，证人患重病危在旦夕；可以作证据的物品将要或正在腐烂、变质；当事人有隐匿、转移、销毁有关证据的迹象等。第二，经土地行政主管部门负责人批准。即是否采用证据保全措施决定权只能由负责人行使。
第三，必须采用合理的形式保全。办案机关在查处违法行为过程中，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，可以采取先行登记保存措施；法律、行政法规规定扣留、封存等行政强制措施的，可以根据具体情况实施。
先行登记保存有关证据，或者扣留、封存当事人的财物，应当当场清点，开具清单，由当事人和办案人员签名或者盖章，交当事人一份。并分别送达先行登记保存证据、扣留、封存财物的通知书。先行登记保存的证据，应当加封土地行政主管部门先行登记保存封条，就地由当事人保存。登记保存证据期间，当事人或者有关人员不得损毁、销毁或者转移证据。
对于先行登记保存的证据，应当在7日内及时作出处理决定：
(1)违法事实成立应当予以没收的，作出行政处罚决定，予以没收；(2)依据法律、行政法规可以扣留、封存的，决定扣留或者封存；(3)违法事实不成立，或者依法不应予以没收，或者依法不应予以扣留、封存的，决定解除登记保存措施。
扣留当事人托运的物品，应当填写扣留通知书，通知有关运输部门协助办理，并书面通知当事人。对当事人交代的家存或者寄存的违法物品，需要查扣的，责令当事人取出；当事人拒绝取出的，应当会同当地有关部门将其取出，并办理扣留手续。
对于扣留的财物应当妥善保管，严禁动用、调换或者损毁。对容易腐烂、变质的物品，在征得当事人的同意后，可以先行处理。被封存的物品，应当加封土地行政主管部门的封条，保管人不得随便动用；物品由当事人自己保管的，应当由当事人出具保证书。
扣留、封存的财物，必须是与违法行为有直接关系的财物。经查明确实与违法行为无关的，应当立即解除扣留、封存措施，发给当事人启封、解除扣留通知书。
证据的审查判断是指办案人员对所收集的证据进行分析，判断其真实性、关联性以及取得方式是否合法。它首先是对证据的逐个审查。先要查清每个证据的来源，看其与案件事实有无联系，然后按照理论上的分类，按照不同的特点加以审查。在对逐个审查判断之后，还要把所有的证据加以组合印证比较，在排除所有证据之间的矛盾后，用逻辑的方法把所有的证据组成一个体系，审查这一体系能否准确充分地证明案件事实。
证据的收集和审查判断并非截然分开。在证据的收集判断中有时会收集到新的证据，而新的证据又会影响到对证据的审查判断。
(3)证据的证明是土地管理监督检查人员综合收集到的所有证据，运用逻辑推理的方法，证明行政违法行为是否存在的过程
证明与通常所说的举证既有联系又有区别。举证就是提供证据。在行政处罚案件中，举证为证明活动提供了必要的条件。“被告对作出的具体行政行为负有举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件。”这一规定意味着在行政诉讼中行政机关或者组织不能提供作出某项具体行政行为的证据，就要承担败诉的法律后果。这是因为行政机关在行政活动中所处的特殊地位。行政机关拥有国家强制力保证的权力，对行政相对人处罚无需要取得对方的同意。同时，行政机关一般都具有一定的技术手段和设备等，其举证能力客观上也比较强。行政诉讼法的这一规定直接影响到行政处罚案件中行政机关的证明责任。行政处罚案件中行政机关或组织承担证明责任。如果行政机关未能获取充分的证据证明某项行政违法行为的存在，就不能作出行政处罚。
证明应先选择证明案件主要事实或全部事实的证据为主线，确立案情的大致轮廓。这种证据通常选用当事人陈述，或者知悉案件主要事实的证人证言等原始、直接的证据。在此基础上运用其他证据对事实的各个环节加以引证，排除证据之间矛盾，从而根据所有的证据合乎情理地证明案件事实的存在。
