土地权属争议的管辖是指各级土地行政主管部门承办的土地权属争议的权限和范围。也就是上下级土地行政主管部门之间受理土地权属争议案件的分工和权限。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理，当事人双方或有一方为个人的，由乡级或者县级人民政府处理。
1．县级人民政府土地行政主管部门受理下列土地权属争议案件：个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的土地权属争议案件；跨乡级行政区域的土地权属争议案件；同级人民政府和上级人民政府土地行政主管部门交办的土地权属争议案件。上述个人之间、个人与单位之间发生的权属争议案件，也可以由乡级人民政府受理和处理。
2．自治州、设区的市人民政府土地行政主管部门受理下列土地权属争议案件(1)跨县级行政区域的土地权属案件；(2)同级人民政府和上级人民政府土地行政主管部门交办的土地权属争议案件。
3．省、自治区、直辖市人民政府土地行政主管部门受理下列土地权属争议案件：
(1)跨自治州、设区的市行政区域的土地权属争议案件；
(2)本行政区域内有较大影响的土地权属争议案件；
(3)同级人民政府和国土资源部交办的土地权属争议案件。
4．国土资源部受理下列土地权属争议案件：(1)全国有较大影响的土地权属争议案件；(2)国务院交办的土地权属争议案件。
5．有管辖权的土地行政主管部门因特殊原因不能行使土地权属争议管辖权的，由上级人民政府土地行政主管部门指定管辖。
土地权属争议管辖权发生争议的，由争议双方协商解决；协商不成的，报争议双方共同的上级人民政府土地行政主管部门指定管辖。
6．土地行政主管部门发现受理的土地权属争议案件不属于自己管辖的，应当告知申请人到有管辖权的土地行政主管部门提出处理申请，或者直接移送有管辖权的土地行政主管部门。
7．上级人民政府土地行政主管部门可以办理下级人民政府土地行政主管部门管辖的土地权属争议案件，也可以将自己管辖的土地权属争议案件交下级人民政府土地行政主管部门办理。下级人民政府土地行政主管部门对其管辖的土地权属争议案件，认为需要由上级人民政府土地行政主管部门办理的，可以报请上级人民政府土地行政主管部门决定。
土地登记过程中发生权属争议的处理
在土地权属争议案件中，当事人之间虽然对权属存在争执，但此种争执是否能够成立，是否存在可“议”之处，则另当别论。因此不能认为只要有人提出权属异议，就不能颁发证书，关键是要看这种“争议”能否成立、在多大程度上可能成立。人民政府及国土资源管理部门只要能够证明争议土地“权属清楚、产权来源资料齐全”，就可以继续颁证。在登记颁证过程中，一旦有对方当事人提出权属争议，在土地权属争议尚未解决前，土地管理部门可以作出暂缓登记的决定。
此时，存在两种可能性：一是提出异议的当事人提供的权属证明材料与申请人提供的权属证明材料两者无法让土地管理部门得出权属应当归谁所有的结论，则土地管理部门应当引导双方当事人作土地权属争议案件处理，然后根据生效的土地权属争议案件行政决定书，进行土地登记；另一种情形是，土地管理部门根据异议人的权属证明材料和申请人的权属证明材料，已经能够作出十分清晰的判断，能够作出土地权属应当归谁所有的结论，则直接给权利人颁发土地权利证书。
如对方当事人仍然有异议，一般就应在法定期限内对政府颁发土地权利证书的行为提起诉讼，人民法院在审查政府的颁证行为是否合法时，要结合原告的诉讼请求，重点审查权利证书的权属是否合法、界址是否清楚、面积是否准确，颁证行为是否符合法定程序。
对于异议人提出的权属异议明显不能成立、所提供的证据明显无法证明其主张的，人民政府可以不受理其权属争议处理申请，依法进行登记发证。在土地总登记中，公告期满，当事人对土地总登记审核结果异议不成立的，国有土地资源行政主管部门可以报经人民政府批准后办理登记。土地登记申请者及其他土地权益有关者在公告规定的期限内，可以向土地管理部门申请复查，并按规定缴纳复查费。经复查无误的，复查费不予退还；经复查确有差错的，复查费由造成差错者承担。这一规定也说明，对于异议，行政机关有核实的义务，而非有异议即不能发证。而在土地的变更登记、注销登记、更正登记、异议登记、预告登记和查封登记中更是如此。
