在土地等自然资源的权属确认中，坚持行政确权前置和最终由行政机关进行认定的做法在实践中确实会带来诸多弊端，例如程序繁琐、徒增诉累，可能会造成问题长期得不到解决，也与司法最终救济原则相违背，是否凡属涉及到土地等自然资源权属确认的案件，都须经行政确权先置？答案显然是否定的，因为如果答案肯定，就会导致所有涉及到土地等自然资源权属确认的纠纷都只能通过行政途径解决，一方面行政机关将会因解决权属争议而不堪重负，另一方面人民法院的民事审判将变得无足轻重，相反行政诉讼却源源不断，这既不符合正常的社会秩序，也不符合目前司法实践的实际情况——当前大部分涉及土地等自然资源权属纠纷的案件，的确是通过民事诉讼予以解决的。
哪些权属争议必须以行政确权作为前置程序，只有在当事人对行政确权不服，才能通过司法进行审查，且权属确认本身仍需由行政机关最终进行，而又有哪些权属争议可以通过民事诉讼直接起诉到人民法院，由人民法院进行确权呢？只有当事人之间权属争议的发生涉及到行政确权时，只有在当事人之间的权属争议是因人民政府的确权行为引起时，才必须以行政确权作为前置程序，以司法作为监督程序，并由行政机关最终予以解决；如果当事人之间的权属争议不涉及到行政确权时，而只是平等主体之间的民事争议，自然应直接向人民法院提起民事诉讼予以解决。哪些权属纠纷与行政确权相关呢？只有在当事人之间的权属争议是因人民政府进行初始登记(登记造册)而引起时，才能认为权属争议与行政确权有关，如果不是因人民政府对土地等自然资源的权属进行初次登记(登记造册)引发的争议，就不能要求行政确权前置，再通过司法进行监督，最后仍需行政机关确权。
当事人在从人民政府获得土地等自然资源的使用权时，因登记造册时登记不清而引起权属争议，就必须以行政确权作为前置程序，并在司法进行监督的情况下由行政机关最终予以解决，但如果当事人取得的使用权本身没有问题，而是后来进行交易时，因为双方对交易规则的理解发生矛盾，导致在当事人之间发生权属争议，则此种权属争议与人民政府的确权行为并无直接关系，自然不能通过行政途径予以解决，而应由当事人直接向人民法院提起民事诉讼予以解决；再例如，人民政府在进行登记造册时，误将甲村的土地登记为乙村所有，导致甲乙两村发生权属争议，或者人民政府在发放土地承包经营权证书时，针对同一块土地重复发证，导致张三和李四对该土地的承包经营权发生争议，或者人民政府在出让建设用地使用权时，因四至界定不清造成受让人与其他民事主体发生权属争议，此类纠纷是因人民政府的确权行为(初始登记)引起的，因此应以行政确权前置，再通过司法进行监督，但权属的最终认定还须通过人民政府。
人民法院在审查当事人之间纠纷是否为人民法院主管范围时，第一步应该搞清楚该纠纷是否属于权属争议，因为有些案件表面上看是权属争议，但实际上并非权属争议问题，而是平等主体之间的其他纠纷，例如在某一案件中，张三将自己所承包的土地转包给李四进行耕种，而李四则在该土地上建造住宅，张三要求收回所承包的土地，李四不同意，因而发生纠纷，一审法院以此纠纷属于土地承包经营权权属纠纷为由，裁定不予受理，并告知当事人通过其他途径予以解决，原告提起上诉，二审法院经审查认为，原告提交的土地承包经营证书和土地承包经营合同所显示的土地承包经营权范围与被告提交的土地承包经营证书和土地承包经合同所显示的土地承包经营权范围并没有重合，故本案不属于土地承包经营权属纠纷，而属于因转包而产生的转包合同纠纷或者侵权纠纷，自应属于人民法院的受理范围，故撤销一审法院的裁定。
