复议机关是被告。对于复议机关直接作出维持原行政行为复议决定的情形，法律规定比较明确，但是对于复议机关作出复议决定确认原行政行为违法时，复议机关是应当作为共同被告参加诉讼还是由当事人针对复议决定单独提起诉讼，则需要根据确认违法决定的性质进行分析。行政复议决定主要有不予受理决定、驳回复议申请决定、维持决定、限期履行决定、变更决定、撤销决定、确认违法决定几种类型。
不予受理决定和驳回复议申请决定仅对申请人的复议申请作出了程序性处理，未对原行政行为进行实质性审查；限期履行决定、变更决定和撤销决定均改变了原行政行为的内容和效力；维持决定和确认违法决定则保留了原行政行为的效力。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》规定，复议机关确认原行政行为违法，属于改变原行政行为，但复议机关以违反法定程序为由确认原行政行为违法的除外。
作出实体审查的行政复议决定中，维持决定和确认违法决定的共同之处在于实质性改变原行政行为的内容，不同之处在于维持决定对原行政行为进行了整体性的积极评价，而确认违法决定则在保留原行政行为效力的同时，作出了部分的消极评价。是否改变原行政行为的效力是判断复议机关是否实质改变原行政行为的主要标准。从复议决定是否改变原行政行为效力的角度来看，仅从程序上确认违法复议决定实际上是维持了原行政行为的效力，在性质上与维持决定属于同类型的复议决定。
行政相对人因原行政行为所确立的行政法上的权利义务关系并未因复议机关的确认违法决定而改变。从行政争议的性质来看，相对人对原行政行为所持的异议与对复议决定所持的异议属于同一性质的异议。如果相对人仅对原行政行为提起诉讼，则会因其已经提起行政复议而受到行政复议决定的约束；如果相对人仅对复议决定提起行政诉讼，则其与原行政行为之间的实质争议无法得到解决。复议决定仅从程序上确认原行政行为违法时，行政相对人不服原行政行为和行政复议决定，应当以作出原行政行为的机关和复议机关为共同被告提起诉讼。
