在此类案件当中，农民的房屋已经被强行拆毁，房屋面积的确定常常是审理的难点之一。被强拆房屋的农民通常提供房屋的宅基地使用权证以证明其房屋的面积。但由于农民所盖的房屋大多为楼房，且楼层情况各异，因此宅基地使用权证通常仅能证明房屋的占地情况，而不能证明房屋具体的建筑面积。农民在建房时超出审批面积的情况也是十分常见的，而农民在起诉时往往不加区分地将所有建房面积全部计算在内，这也为法院确定房屋的补偿价格带来了一定的困难。
确认被强拆房屋面积应采取举证责任倒置规则。主要原因在于：当侵权人故意损毁农民房屋，且又因事先未采取证据保全公证等手续而导致房屋面积无法确定时，由此产生的举证不能的法律后果应当由侵权人承担。农民在提供了宅基地使用证上所载明的建筑面积后，法院可以该面积直接乘以农民房屋的层数来确定应获赔偿的房屋总面积。此后，举证责任便转由侵权人承担。
农民超出宅基地使用证所确认的建筑面积建造房屋的现象在农村是非常普遍的。当农民房屋被违法强拆时，超建面积应否得到赔偿呢？“违章建筑、超过批准期限的临时建筑，以及征用土地公告后擅自进行房屋及其附属物新建、改建、扩建的部分，均不予补偿”。虽然农村房屋的超建部分属于违章建筑，但只有当拆迁人依法定的方式进行拆迁活动时，才可以享受“不予补偿”的权利。当农民房屋是由于违法强拆而被损毁时，尽管超建部分属于违章建筑，但该部分利益相对于侵权人而言仍然是受法律保护的，侵权人对于农民房屋超建部分同样应当予以赔偿，只是赔偿的金额应当与未超建部分有所区别。
如果能够区分超建部分的材料费用与施工费用，则侵权人仅赔偿材料费用即可；如果不能区分超建部分的材料费用与施工费用，则侵权人应当予以全额赔偿。在实践当中，由于房屋已经被侵权人强行拆毁，材料费用和施工费用通常是难以区分的，则侵权人就超建部分应当作出与未超建部分相同标准的赔偿。
