违法占地实际是违法建设占地，一般是指违法占地进行非农业建设，也就是违法占用土地建设建筑物和构筑物，农业建设项目和农业用地一般不属于《土地管理法》所称的违法占地。
（一）农业设施建设用地，是指对地表耕作层造成破坏的，为农业生产、农村生活服务的乡村道路用地以及种植设施、畜禽养殖设施、水产养殖设施建设用地。上述设施农业建设用地应当严格按照设施农用地的用地标准、用地政策，办理相应的设施农用地使用手续。考虑到上述设施农业建设用地直接用于或者服务于农业生产和农村生活，其性质属于农用地，不作为新增建设用地管理，同时，设施农用地使用中需要办理的是“备案手续”而非“审批手续”，因此在日常执法和卫片执法检查中，对于“农村道路和设施农业项目用地不宜按一般建设用地处理，而应当在对项目是否属于设施农业项目、是否符合设施农用地标准和要求、是否办理设施农用地使用手续等进行综合判定的基础上，区分不同情况进行处理：
1. 对确实属于农村道路和设施农业项目，但未办理设施农用地手续的，应当责令当事人限期完善设施农用地手续；拒不办理设施农用地手续的，其附属设施用地、配套设施用地中涉及改变农用地性质的部分，应当属于违法建设用地，依照《土地管理法》有关规定依法查处。
2. 已经办理设施农用地使用手续的，但其中附属设施用地、配套设施用地超过规定比例和面积的，超过部分属于违法建设用地，应当责令其限期改正，拒不改正的应当依照《土地管理法》有关规定依法查处。
3. 已经办理设施农用地使用手续的，但设施农业项目建设中涉及的经营性粮食存储、加工和农机农资存放、维修场所；以农业为依托的休闲观光度假场所、各类庄园、酒庄、农家乐以及各类农业园区中涉及建设永久性餐饮、住宿、会议、大型停车场、工厂化农产品加工、展销等非农业建设用地，未依法办理建设用地审批手续的，属于违法建设用地，应当依照《土地管理法》有关规定依法查处。
4.以设施农业项目建设为名擅自改变用途从事非农业建设占用土地的，属于违法建设用地，应当依照《土地管理法》有关规定严肃查处。
（二）符合标准的“农光互补”“渔光互补”项目用地，如高架棚下为农业种植、养殖或水产养殖，棚顶为光伏板、光伏膜等光伏发电的复合用途，未改变农业用地性质还提高了土地利用效率，同样属于设施农业用地，不属于建设用地，同样应当按照上述农业设施建设用地办理相应的用地备案手续。办理备案手续的，原则上就是合法农业设施用地，未办理备案手续也不能简单认定为“违法占地”，应当按照上述规则区分不同情况进行判定。
（三）农业种植占地、农业结构调整等农业用地，也不属于《土地管理法》所称的“违法占地”。比如，占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼等，是《基本农田保护条例》禁止的，但该条例并未对此明确法律责任，同时发展林果业和挖塘养鱼属于农业内部结构调整，不是违法建设占地，不能适用《土地管理法》按违法占地进行行政处罚；又如，单位个人未经许可占用国有或集体土地进行种植，也不是违法建设占地，不能适用《土地管理法》按违法占地进行处罚，而应当按照侵权侵占等由产权人主张权利。
