任何一个国家的自然资源都是整个社会赖以存续的物质基础，同时也是一个国家经济发展的重要“源”动力之一。自然资源具有稀缺性，不可能满足所有主体的需求。基于此，各国均出台法律对土地资源、矿产资源、水资源等自然资源的使用和收益作出明确的制度安排，以解决资源所有与使用间的矛盾，提高资源利用率。应如何进行制度设计，以保障自然资源利用效率最大化？在计划经济时期，我们国家对多数自然资源实行无偿使用制度，强调土地等自然资源为国家和集体所有，任何机关、企业、事业单位使用国有土地等自然资源，都由国家无偿拨付。
“国有土地可以依法确定给全民所有制单位或者集体所有制单位使用，国有土地和集体所有的土地可以依法确定给个人使用。使用土地的单位和个人，有保护、管理和合理利用土地的义务。”在实践中，相对于全国范围内自然资源的使用而言，国家单方面无偿拨付调控乏力，难以实现自然资源在社会化生产中的优化配置，不仅导致自然资源的公有制在很大程度上被虚化，而且也促使土地等自然资源出现低效的利用状态，占优用劣、占而不用等缺乏竞争的自然资源利用局面，极大地限制了我国经济的发展。
鉴于此，国家作为自然资源的所有者和管理者，为实现所有者权益，保障自然资源的可持续利用，进行了土地等自然资源有偿使用的制度改革，出台自然资源特别法，实行以有偿使用为原则、无偿使用为例外的自然资源使用制度。
一方面，我国以自然资源有偿使用为原则。随着我们国家市场经济改革的推进，国家对自然资源的特别法进行修订，并逐步建构自然资源有偿使用原则。对土地资源作出有偿使用的制度安排，规定“国家依法实行国有土地有偿使用制度”。“国家对水资源依法实行取水许可制度和有偿使用制度”。“国家实行探矿权、采矿权有偿取得的制度”。国家除了修订相关特别法、完善自然资源有偿使用制度之外，还发布相关政策对此项制度进行宏观引导。对自然资源有偿使用制度提出总的要求、各领域重点任务以及加大改革统筹协调和组织实施力度，提出“加快建立健全全民所有自然资源资产有偿使用制度，努力提升自然资源保护和合理利用水平，切实维护国家所有者权益，为建设美丽中国提供重要制度保障”。
另一方面，我国以自然资源无偿使用为例外。考量到自然资源多元化需求，我国在逐步建构自然资源有偿使用原则的同时仍然保留了无偿使用。国家在法律规定的范围内划拨国有土地使用权的除外。农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水的除外。国务院水行政主管部门负责全国取水许可制度和水资源有偿使用制度的组织实施。”但是国家对探矿权、采矿权有偿取得的费用，可以根据不同情况规定予以减缴、免缴。具体办法和实施步骤由国务院规定”。之所以保留无偿使用自然资源制度，主要原因有两点：一是对于公益事业和公共建设，需要在自然资源使用方面以无偿取得的方式予以扶持；二是为避免增加农民负担，农村集体经济组织和农民已有的使用水资源等自然资源权益应当得到维护，以促进农业和农村持续、稳定、健康发展。
无偿使用是自然资源使用制度中的例外和补充，为避免无偿使用自然资源制度被不当适用，现行立法对无偿使用制度的适用范围和条件予以严格限制。经县级以上人民政府依法批准，可以以划拨方式取得下列建设用地：一是国家机关用地和军事用地；二是城市基础设施用地和公益事业用地；三是国家重点扶持的能源、交通、水利等基础设施用地；四是法律、行政法规规定的其他用地。对划拨取得土地使用权的房地产的转让规定了限制条件：以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当按国务院规定，报有批准权的人民政府审批。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依国家有关规定缴纳土地使用权出让金。
特别法的内容多数侧重于行政管理制度建构而轻私权保护制度，仅体现了某个自然资源有偿使用与无偿利用相结合制度，无法整合抽象出所有自然资源私权利用制度。国家对自然资源使用的有偿使用原则，同时采取“但书”的表达方式兼顾了“无偿使用”等特殊利用。一方面在《民法典》中巩固了自然资源有偿使用制度，另一方面对自然资源特别法在抽象层面进行了回应，体现了法律的一致性与体系性。
