自然资源有偿使用制度，是指国家以自然资源所有者和管理者的双重身份，为实现所有者权益，保障自然资源的可持续利用，向使用自然资源的单位和个人收取自然资源使用费或相关收益的制度。其主要表现：一是国家从占有、使用国有的自然资源者之处收取资源补偿费、土地使用权出让金等土地有偿使用费，资源税具有双重属性，也可作为自然资源有偿使用的一种表现形式；二是农村集体经济组织从占有、使用农村集体经济组织的自然资源者手中收取土地出让金、承包费等。
现行资源性法律法规，有的明确规定了该项资源实行有偿使用制度或需要支付使用费，有的尽管没有具体规定有偿使用，但改革的方向是向资源的有偿使用发展，并已在相关政策性文件作出了规定。“国家依法实行国有土地有偿使用制度”；“国家实行探矿权、采矿权有偿取得的制度”；“国家对水资源依法实行取水许可制度和有偿使用制度”；“国家实行海域有偿使用制度”；“经批准开发利用无居民海岛的，应当依法缴纳使用金”。“建立国有森林资源有偿使用制度”和“建立国有草原资源有偿使用制度”。该指导意见同时提出立足生态文明体制改革全局，以完善全民所有自然资源资产使用权体系和有偿使用制度为重点，推进完善土地、水、矿产、森林、草原、海域、无居民海岛等全民所有自然资源资产有偿使用的法律法规体系。
自然资源实行有偿使用制度，意味着用益物权人要取得对相关自然资源进行占有、使用和收益的权利就需要支付相应的对价，如使用费、出让金等。自然资源所有权人（主要是国家）让渡自然资源的占有、使用和收益权能，收取相应的自然资源使用费、出让金等收益作为对价或者补偿，符合公平正义的理念和法律原则。自然资源有偿使用制度作为生态文明制度体系中的一项核心制度，其全面构建与改革完善有利于盘活自然资源资产的活力，促进自然资源的保护和合理开发利用，切实维护国家所有者和使用者的权益，加快推进美丽中国的建设。
至于自然资源有偿使用的方式，由于资源的不同类别，利用方式亦有所差异，且随着社会的发展进步，同一自然资源有偿使用的方式也会有所变化。如探矿权、采矿权已经由申请审批取得逐步演变为原则上采取招标拍卖挂牌的市场化出让方式取得，并由之前的缴纳资源使用费、资源补偿费等转变为支付矿业权出让收益（出让金）。其他自然资源有偿使用制度也在逐渐建立和完善过程中，但采取招标拍卖挂牌的市场化出让方式应该是总的发展趋势。
自然资源的无偿使用
现行资源性法律在规定自然资源有偿使用的原则基础上，也都规定了无偿使用的例外情形。“国家在法律规定的范围内划拨国有土地使用权的除外”；实际上，基于对农民权益的保障和社会的稳定考虑，农村家庭承包经营基本实行的也是无偿使用土地制度。
国家对水资源依法实行取水许可制度和有偿使用制度的同时，“农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水的除外”。有偿开发利用无居民海岛的同时，也规定了“因国防、公务、教学、防灾减灾、非经营性公用基础设施建设和基础测绘、气象观测等公益事业使用无居民海岛的除外”。
自然资源实行有偿使用制度更多地针对国有自然资源，也正是从国有自然资源开发利用的角度上分析，可以说无偿使用是自然资源有偿使用制度的例外和补充。在国有自然资源有偿使用改革后仍然保留无偿使用的例外情况，主要是因为：（1）通过划拨等方式无偿取得土地等自然资源使用权的情况仍然有存在的必要性，一些公益事业、公共建设仍然需要有国家相应的扶持，一些战略性或特定用途的矿产资源可能尚需要特定主体勘探开采等。（2）农村集体经济组织和农民、牧民一直使用的水流等自然资源的权益应当得到维护，以避免增加农民、牧民负担，同时也是为了促进农村和农业、牧业的持续、稳定、健康发展。
至于集体所有自然资源的使用，相较于国有自然资源的使用有所差异。现行农村集体所有或国家所有由农村集体使用的耕地、林地、草地以及其他用于农业的土地，实行的是以家庭承包为主体的土地承包经营制度，严格说并非有偿使用；农户取得土地承包经营权系基于农村集体经济组织成员的身份与农村集体经济组织签订承包合同获得的，并不需要支付相应的对价，且根据现有政策甚至还可以获得国家相关政策性补贴；同样，宅基地使用权亦是基于农村集体经济组织成员的身份无偿取得的。当然，非集体经济组织成员承包经营农村土地，依法需要支付一定的对价，系有偿使用。我国目前针对农村土地等集体自然资源的使用制度，无偿使用是主体，有偿使用则是补充。
