1.作出批准决定的法定主体是国务院和省级人民政府，其主要考虑是征地属于国家强制性权力的行使，关系重大社会利益调整和农民的切身利益，必须持高度审慎的态度，避免地方政府因片面追求区域经济建设滥用征地权，损害农民利益。
2.关于征地审批权限。国务院审批事项突出重点，主要聚焦永久基本农田保护和大规模征地，包括：永久基本农田；永久基本农田以外的耕地超过35公顷的；其他土地超过70公顷的。其他的由省级人民政府审批。涉及永久基本农田的，和农用地转用审批项目一样，都属于国务院审批事项，体现的是严格保护永久基本农田的精神，大规模征地的涉及利益较广，容易引发社会矛盾，因此将征地审批权限也规定为国务院，体现审慎的态度，有利于维护群众合法权益。
3.关于征地与农用地转用两个审批事项的衔接，分为以下三种情况：一是经国务院批准农用地转用的，同时办理征地审批手续。这主要是指占用永久基本农田的项目等，国务院批准农用地转用时，同时批准征收土地，无须另行报批。这样可以简化手续，提高办事效率，减轻基层政府和建设单位的负担。
二是经省、 自治区、直辖市人民政府在征地批准权限内批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批，这主要指农用地转用批准权和征收土地的批准权都属于省级人民政府的，由省级人民政府同时办理农用地转用和征收土地审批手续。三是超过征地批准权限的，应当依照规定另行办理征地审批，例如规定其他城市的批次用地由省、 自治区、直辖市人民政府及其授权的设区的市、 自治州人民政府批准农用地转用的，但是由于土地面积过大等原因超过省级政府批准征地权限的，需要申请国务院办理征地手续。
土地和房屋不应分开处置
集体土地征收过程中对于宅基地上房屋的处置往往存在与土地相分离的情况，普遍采取的方式为在集体土地预征阶段，当涉及宅基地上房屋时，首先对宅基地上房屋进行补偿安置，被征收人通过签订农房拆迁补偿安置协议或房屋补偿安置协议等名称的协议获得补偿安置的权益，补偿安置协议中一般有两种方式，一种是异地安置，一种是货币补偿。
异地安置主要是指在异地另觅宅基地进行安置，现有房屋按照重置价，主要是指重新建造与原有房屋结构、式样、质量、功能基本相同的房屋所需的费用，通俗地理解，就是被拆房屋重新建设的建筑价值（成本价）进行补偿；货币补偿主要通过市场比准价方式评估并补偿，被征收人取得补偿款购买安置房，并办理农转非手续。先行补偿安置方式是在征前将宅基地上的房屋及被征收人进行补偿安置，以使被征收地块处于净地状态，便于后续的征地活动的开展。
由此带来的主要问题是补偿安置协议的签订缺乏事实和法律依据，补偿标准不统一，补偿协议的签订具有较大的随意性。实践中也存在先通过集体土地征地批复解决土地问题，再后续通过国有土地上房屋征收程序解决房屋问题的做法，其本质是将本应在集体土地征收程序中一并解决的问题割裂开来，明显违反法律规定。
