房屋拆迁管理部门代管的房屋，大多是历史上因房屋产权人出走弃留或者下落不明，由房屋拆迁管理部门代为管理需要落实房产政策的房屋。这些房屋仍有人承租，只是产权人不明，而由政府代管。
对房屋拆迁管理部门代管的房屋进行拆迁的，应当把握以下三点：
(一)房屋拆迁管理部门代管的房屋进行拆迁的，仍应订立拆迁补偿安置协议
由于代管房的产权人下落不明，事实上是由房屋拆迁管理部门代为行使所有权的，而这些代管房又存在具体承租人，在拆迁这类房屋时，仍应当按照条例的规定执行。如果在拆迁前，房屋拆迁管理部门能够与房屋承租人解除租赁关系或者对房屋承租人进行安置，就应当由拆迁人与房屋拆迁管理部门订立拆迁补偿安置协议。房屋拆迁管理部门可以按照规定选择货币补偿或产权调换，房屋拆迁管理部门得到补偿和安置后，仍应当代房屋产权人进行管理，待房屋产权人出现后，将货币补偿或房屋所有权归还给房屋产权人。如果房屋承租人不愿意解除租赁关系，房屋拆迁管理部门应当选择产权调换，产权调换的房屋由房屋承租人继续承租，房屋承租人与房屋拆迁管理部门重新订立房屋租赁合同。此时，房屋拆迁管理部门仍然是被产权调换的房屋的代管人。
(二)房屋拆迁管理部门代管的房屋需要拆迁的，拆迁补偿安置协议必须经公证机关公证
只有经过公证，该拆迁补偿安置协议才能生效，才能保证该协议的真实性和合法性。这样规定是为了防止日后房屋产权人出现后，对拆迁补偿安置协议提出异议。如果有了经过公证的拆迁补偿安置协议，产权人就必须接受该拆迁补偿安置协议。
(三)房屋拆迁管理部门代管的房屋在拆迁前，房屋拆迁管理部门还应当就该被代管房的有关情况，向公证机关办理证据保全
代管人亦属于被拆迁人，但由于代管人对被拆迁房屋没有所有权、处分权、在所有权人不在的情况下，拆迁人应就被拆迁的房屋面积、建筑材料的构成、房屋的新旧程度等有关证据进行保全，如果代管人是房屋拆迁主管部门的，补偿、安置协议必须经公证机关公证，并办理证据保全。如果未就上述证据采取保全措施而拆迁，则为纠纷发生制造了温床。
办理房屋拆迁证据保全公证，公证员应当客观、全面地记录被拆迁房屋的现场状况，收集、提取有关证据。应该根据被保全对象的不同特点，采取勘测、拍照、摄像等方式进行证据保全。对房屋进行勘测的，应当制作勘测记录，记明勘测时间、地点、测验人、记录人、被保全房屋的产权人、座落、四至、房屋性质、结构、层次、面积、新旧程度、屋面及地面质地、附属设施以及其它应当记明的事项；能够用图示标明的房屋长度、宽度应当图示；记录应当由勘测人、公证员签名或者盖章；拆迁活动当事人在场的，应请当事人签名或盖章；该当事人拒绝签名或盖章的，公证员应在记录中记明。
对房屋进行拍照和摄像的，应当全面反映、记录房屋的全貌。房屋结构、门窗、厨房以及附属设施等，要有单独的图片显示。公证机关对保全事项认为需要勘测的，应当聘请专业技术部门或其他部门中有该项能力的人员进行勘测。专业技术部门及其勘测人应当提出书面勘测结论，在勘测书签名或者盖章。其他部门勘测人勘测的，应由勘测人所在单位加盖印章，证明勘测人身份。
实施强制拆迁房屋证据保全时，公证机关应通知被拆迁人到场。如其拒不到场，公证员应在笔录中记明。实施强制拆迁房屋中有物品的，公证员应当组织对所有物品逐一核对、清点、登记、分类造册。并记录上述活动的时间、地点，交两名有完全行为能力的在场人员核对后，由公证员和在场人的记录上签名。被拆迁人拒绝签名的，公证员应在记录中记明。物品清点登记后，凡不能立即交与被拆迁人接收的，公证员要监督拆迁人将物品存放在其提供的仓库中，并对物品挂签标码，丢失损坏的，仓库保管人应承担赔偿责任。拆迁人应制作通知书，通知当事人在一定期限内领取物品。逾期不领的，公证处可以接受拆迁人的提存申请，办理提存。
公证员对房屋证据保全的活动结束后应出具公证书。公证词应当记明申请保全的理由及时间，公证员审查申请人主体资格及证据情况的内容，采取保全的时间、地点、方法，保全证据所制作的笔录、拍摄的照片、录像带的名称、数量及保存地点。当事人对公证处所出具的公证书有异议的，可以向司法行政机关申请复议，对复议决定不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。
