1.行政协议纠纷的一方是行政机关或者法律、法规、规章授权的组织
如果行政协议一方行政机关与其他组织共同签名盖章（此时行政机关往往是挂名而已，实际上权利和义务由其他组织享有和履行），该组织也应视为得到了行政机关的授权。如某区政府拆迁办与城投公司作为一方和被拆迁人签订房屋拆迁安置补偿合同，虽然城投公司在合同签订前未得到授权，其与某区政府拆迁办共同签字盖章行为本身就可视为得到行政机关授权，其合同履行行为也代表了作为行政机关的某区政府拆迁办的意志。
2.行政协议签订的目的在于实现公共利益或者行政管理目标
审判实践中有时难以准确判断，如在房屋拆迁安置补偿协议纠纷中，实现公共利益或者行政管理目标与纯粹的商业开发之间难以区分，两者可能兼而有之。这时要结合被拆迁人和拆迁人协议签订时的情况进行判断：如果拆迁人充分尊重了被拆迁人的意志，对被拆迁人提出的安置补偿条件予以充分考虑，则双方签订的协议为平等主体之间的民事协议；反之，则是行政协议（简单判断方法：协议签订打算最初提起者如是个人则是民事协议，如是单位则可能是行政协议）。
因为双方当事人在协议签订过程中的主体地位由协议的公共利益或者行政管理目标所决定，也就是说，拆迁人的主动性与被拆迁人的被动性均为实现公共利益或者行政管理目标所造就，因而行政协议双方当事人实质意义上的不平等有其正当性与合理性。被拆迁人在拆迁协议上的签字虽然说是自愿的，却常常是拆迁人（行政主体）做了大量的动员工作以及被拆迁人自己“深明大义”情形下之所为，故与民事协议中当事人的自愿性不能相提并论。
