宅基地使用权属依规定办理登记的事项。而针对具体的登记规则，“登记程序”中则有所涉及。宅基地使用权登记申请的提出，明确了哪些情形应由当事人双方共同申请，哪些情形可由当事人单方申请。对于宅基地登记申请人在申请登记时应提交的材料，明确申请人应提交以下材料：（1）登记申请书；（2）申请人、代理人身份证明材料、授权委托书；（3）相关的不动产权属来源证明材料、登记原因证明文件、不动产权属证书；（4）不动产界址、空间界限、面积等材料；（5）与他人利害关系的说明材料；（6）法律、行政法规以及条例实施细则规定的其他材料。
在受理当事人申请后，不动产登记机构负有审查职责。就不动产登记所负有的审查职位是实质审查还是形式审查问题，法律并未明确不动产登记机构的审查职责是实质审查还是形式审查。不动产登记机构要对申请人提交的材料进行实质审查，必要时还要进行查验、实质查看和调查。对当事人提出的登记申请的审查，不动产登记机构应进行实质审查。
宅基地使用权登记效力
宅基地使用权性质为不动产物权，而不动产物权登记的效力问题，大致存在三种模式：一是登记对抗要件主义，其要求不动产物权的变动，在当事人之间，不须进行登记即可发生法律效力；但仅在登记后，才发生对抗第三人的效力；未经登记的，不得对抗善意第三人。二是登记生效主义，其要求不动产物权的变动，必须进行登记，如未登记，则不发生物权变动效力。三是托伦斯登记制度，其要求除了登记之外，还有交付权利证书的要求，产权一经登记，具有不可推翻的效力，国家给予保障。不强制一切土地所有权、他项权利申请登记。但一经登记，其后发生的房地产权利变更或者设定，非经登记，不生效力。
针对物权登记模式问题，我国立法规定了以登记生效主义为原则，以登记对抗主义为例外的模式。“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。”
宅基地使用权问题比较特殊，权利的取得必须经过有权机关批准，批准在先，登记在后，即宅基地使用权必依法取得才能依法登记。宅基地使用权确权登记问题政策性比较强，流转范围受到严格限制，立法机关考虑广大农村实际情况和宅基地使用权登记现状，并未明确宅基地使用权采登记生效主义。
根据宅基地使用权登记的种类不同，宅基地使用权登记则具有不同的类别。基于宅基地使用权的流转和消灭而办理的登记，则分为变更登记和注销登记。当宅基地使用权转让后，则宅基地使用权的主体发生了变更，即从一个权利主体变更为另一个权利主体。在此情况下，基于登记生效主义之要求，为保护权利主体的权利，应及时办理变更登记。同样，在宅基地使用权消灭时，比如宅基地因自然灾害或者被征收时，宅基地使用权不复存在，在此情况下，应办理注销登记。
基于《民法典》的规定，宅基地因自然灾害等原因灭失的，宅基地使用权消灭。对失去宅基地的村民，应当依法重新分配宅基地。在此情况下，如失去宅基地使用权的人申请重新分配土地，如不进行注销登记，则从形式上看，宅基地使用权人名下仍有登记的宅基地使用权，则影响宅基地使用权人相关权益的行使。
