“合同无效或被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此造成的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。”在裁判农村房屋买卖纠纷案件时，确认合同无效后，就应当遵循等价有偿和诚实信用原则，公平地处理无效转让行为，合理地认定当事人的民事责任，均衡保护各方民事主体的利益诉求，避免因简单返还而造成利益失衡。
1.关于财产还返及折价补偿的问题
宅基地房屋买卖合同被确认无效后，在房屋存在的情况下，出卖人应当返还买受人购房款，买受人应当向出卖人返还宅基地房屋。合同无效后双方当事人返还财产的范围，应当包括原物及孳息，故买受人除须返还房屋外，还应将其占有房屋期间获得的使用利益折价补偿给出卖人；而出卖人除须返还购房款之外，还应向买受人返还占有购房款期间的利息。
买受人购房后，通常会对其所购房屋进行装修、改建、翻建或扩建。出卖人对房屋所做的装修或改建，并未改变原有房屋的性质，此时构成动产对不动产的附合，故应按添附中有关附合的规则处理，在该添附物附于出卖人的房屋之上而难以剥离的情形下，买受人将添附物随原物一起返还出卖人，出卖人将添附物的价值补偿给买受人。添附物价值的确定，一般由双方当事人协商确定；协商不成的，可由法院委托有资质的机构进行评估。
而与装修或改建不同，在翻建或扩建的场合，买受人己将原房屋拆毁重建，或是在原宅基地的空闲处另建新房，与原有房屋并未构成附合关系。在原房屋被拆除而翻建新房的情况下，原房屋的所有权即因拆除的事实而归于消灭，此时，因原房屋已无法返还，故应当折价补偿。在原房屋未被拆除而扩建新房的情况下，原房屋应当返还自不待言，新房如已经过合法审批批准而建造，因我国奉行房地一体主义，则该房屋可视为附合于宅基地之上，故出卖人得基于宅基地使用权的返还请求权，要求买受人在返还宅基地的同时一并返还房屋，但因该房屋并非出卖人出资建造，基于公平原则，应由出卖人向买受人进行折价补偿。
该新房如未经合法审批手续而建造，则该房屋在实质上属于违法建筑，如已经有关行政主管部门确认为违法建筑，则买受人建造新房的行为实际上构成对出卖人宅基地使用权的侵害，应当根据出卖人与买受人各自的过错负相应的损害赔偿责任。如未经有关行政主管部门确认是否为违法建筑的，则该部分不属于民事案件的受案范围，民事案件对此不予处理。当然，出卖人与买受人也可自行协商该部分新建房屋应如何处理，如买受人无需拆除该房屋，由出卖人接收并给予一定补偿，法院对此自无需干涉，但不宜通过调解书对此进行确认。
2.关于赔偿损失的问题
因合同无效造成损失的，有过错的一方应当赔偿对方损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。所谓“双方都有过错的，应各自承担相应的责任”，是指双方当事人都有向对方请求赔偿损失的权利，而非双方各自承受自己的损失，互不赔偿。在双方互负赔偿责任的情况下，于其赔偿数额相同的范围内，可以适用债的抵销规则，结果是由承担赔偿责任较多的一方向对方赔偿相应的差额。在农村宅基地房屋买卖中，由于买卖双方均应知道法律及国家政策对农村房屋交易的限制性规定，故双方对于合同无效均有过错。由于此类纠纷的诱因大多在于土地增值抑或土地及房屋征用与拆迁将获得补偿安置，出卖人受利益驱动等因素，裁判时应视买卖的具体情况适用不同责任比例，不宜采取固定的责任区分标准。
买卖双方应各自向对方承担缔约过失责任。缔约过失责任的赔偿范围大多为信赖利益的损失，包括直接损失和间接损失。对于出卖人而言，其直接损失主要是买受人居住使用期间的占有使用费用，该部分损失较为容易确定，主要可参照同类房屋出租的租赁费用进行确定。就间接损失的认定而言，由于出卖人拥有的农村房屋通常只允许向符合条件的同村村民转让，而这类交易机会在实践中极为稀少，加之即便其他村民愿意购买，其价格也会较低，所以在城镇居民购买农村房屋的合同被认定无效后，出卖人通常很难举证证明自己因丧失了与第三人另订合同的机会而遭受了间接损失。
房屋买卖合同被认定无效，对出卖人通常不会造成间接损失，或仅造成很少的间接损失。非但如此，在房价不断上涨或房屋面临拆迁的情况下，出卖人主张合同无效后，如能收回房屋，还可获得较多的利益。对于买受人而言，其直接损失主要包括缔约费用、准备履行所支出的费用。其间接损失则主要是丧失与其他人另订合同的机会而因房屋价格上涨而带来的另行购房的损失。不过，就出卖人承担的赔偿买受人间接损失的责任而言，应当注意两个事项：
第一，因买受人实际购买的是农村房屋而非城市中的商品房，且其价格通常大大低于同类型商品房，故买受人不得主张完全按照城市中同类商品房的增值数额来赔偿间接损失。第二，由于买受人自身对合同的无效往往也存在过错，故其要求出卖人赔偿间接损失时，应当适用过失规则，以便减轻出卖人的赔偿责任。
相当大部分农村房屋买卖纠纷是因征地拆迁补偿利益分配而引发的，这就涉及拆迁补偿利益的分配问题。农村房屋被征收后，一般有两种补偿方式，即调产安置与货币补偿，由于各地具体补偿标准不同，农村房屋的产权人常因补偿方式不同而获利差别明显。基于房地一体的原则，农村房屋拆迁安置时，一般有三种补偿模式：一是仅对房屋进行补偿；二是对房屋和土地分别补偿；三是不区分房屋和土地，确定一定的方案进行补偿，其中第二种模式涉及了农村宅基地的补偿，与特定身份有密切关系。而第一、三种则无需考虑特定身份的问题。
故在第一、三种模式下，对双方损失标准参照房屋征收部门规定的各项补偿标准确定，对于第二种模式，由于拆迁补偿是针对占用土地的补偿，与原农村集体土地使用权人的身份相关联，建议该部分补偿费用应由出卖人享有。在货币补偿形态，出卖人在取得安置补偿款后，应将其中的大部分直接赔偿给买受人；在调产安置形态，可以按安置房市场价格由双方合理分配，并确定安置房归一方所有，取得安置房的一方按前述的损害赔偿模式原则由法院确定分配比例向另一方找付差价。关于部分特定补偿款项的分配，比如临时过渡补贴损失、搬家补贴损失、搬迁误工费、提前搬迁奖等，该部分费用的产生是与房屋使用人的使用行为密切相关的，是对拆迁前房屋实际居住人的补偿，与房屋及宅基地的权属关系不大，故应当归拆迁前房屋的实际居住人通常为买受人所有。
