国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。虽然不动产登记的实体法律效力与登记程序分别规定于《民法典》与不动产登记的特别法，但仍要注意两者之间的内在衔接和协调。
第一，建设用地使用权变更登记的性质。变更登记主要指权利主体而非权利内容的变更，系广义的变更登记。而《不动产登记暂行条例实施细则》中规定的变更登记主要是指法律、行政法规规定的不涉及不动产权利转移的变更情形，比如权利人的姓名、名称、身份证明类型或者身份证明号码发生变更的；不动产的坐落、界址、用途、面积等状况变更的；不动产权利期限、来源等状况发生变化的；同一权利人分割或者合并不动产等情形。买卖、互换、赠与或以建设用地使用权作价出资等涉及权利主体变更情形的，属于转移登记。
第二，建设用地使用权变更登记以双方申请为原则。与建设用地使用权设立登记属于首次登记而允许单方申请不同，建设用地使用权因转让、互换、出资或者赠与发生权利移转的，一般应当由当事人双方共同向不动产登记机构申请，并提交不动产权属证书，转让、互换、出资或者赠与及相关税费缴纳证明等，申请划拨取得国有建设用地使用权转移登记的，还应当提交有批准权的人民政府的批准文件。
共同申请仅系转让人与受让人在登记程序层面的强制性要求，主要是为防止虚假或错误登记损害真正权利人的利益，而非意味着双方在实体上均承担对等的登记义务。在建设用地使用权转让、互换、出资或者赠与法律关系中，转让人应承担交付土地和办理变更登记的主合同义务，违反该义务将承担违约责任；而受让人则享有登记请求权，且仅负有接受土地移交及协助办理变更登记的义务，本质上属于债权人的受领给付义务，仅为不真正义务，其因不配合申请登记而构成受领迟延的，不属于违约，只是产生减轻或免除转让人责任的法律后果。
第三，建设用地使用权变更登记可通过法院嘱托登记实现。建设用地使用权转让、互换、出资或赠与合同签订后，若转让人无正当理由拒绝履行交付土地和办理变更登记的义务，受让人有权向法院起诉，请求转让人继续履行义务。若法院判决转让人履行登记义务而其未主动履行时，将根据受让人申请进入强制执行程序。
第四，不动产登记机构受理变更登记的申请后，应注意审核建设用地使用权转移的登记原因文件是否齐全；申请转移的建设用地使用权与登记原因文件记载的是否一致；是否存在查封登记、异议登记等情形；是否与不动产登记簿的记载冲突；是否与土地出让合同相关条款冲突；是否已缴清土地价款、已完税等事项，审核通过的，应将登记事项记载于不动产登记簿，并向受让人核发不动产权属证书。
