人民法院在审理这类案件时，要把相邻权利人之间发生的土地权属纠纷与相邻关系纠纷区别开来。《土地管理法》规定：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。”“单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。”“当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。”“在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。”
该条对土地所有权和使用权争议的处理程序专门作了规定，明确此类争议按照“协商—政府处理—行政诉讼”的程序，当事人对政府不予受理土地争议或者处理决定不服的，只能向人民法院提起行政诉讼。而针对相邻权纠纷的起诉，人民法院应当作为民事纠纷案件直接受理。两者的区别在于争议的标的是土地所有权或者使用权权属还是在权属明确的前提下发生的相邻权纠纷，不要把土地权属争议作为相邻权纠纷处理。
土地权属登记的既判力
土地权属登记（包括土地权属证书）在生效裁判和仲裁裁决中作为定案证据，利害关系人对该登记行为提起诉讼的，人民法院应当依法受理。土地权属登记（包括土地权属证书）是土地权利的证明载体。在涉及土地权属的诉讼或者仲裁过程中，土地权属登记（包括土地权属证书）作为土地登记部门颁发给权利人的权利凭证，由于其属于公文书证，具有较高的证明效力，人民法院或者仲裁机构往往将其作为定案证据予以采纳。
在一些情况下，利害关系人在诉讼或者仲裁程序中才发现该土地权属登记（包括土地权属证书），认为该权属登记行为损害其合法权益的，人民法院应当依法受理。
土地权属登记（包括土地权属证书）在生效裁判和仲裁裁决中作为定案证据，虽然人民法院和仲裁机构也会对其进行合法性审查，但是对证据的合法性审查和对登记行为的合法性审查的程度、内容均有所不同。证据的合法性是从证据是否符合法定形式、证据的取得是否符合法律、法规、司法解释和规章的要求、是否有影响证据效力的其他违法情形等方面进行审查。以违反法律禁止性规定或者侵犯他人和权益的方法取得的证据，不能作为认定案件事实的依据。
生效法律文书确认的事实虽然可以作为定案证据，但并不具有终局的效力，即生效的人民法院裁判文书或者仲裁机构裁决文书确认的事实，可以作为定案证据。但是如果发现裁判文书或者裁决文书认定的事实有重大问题的，应当中止诉讼，通过法定程序予以纠正后恢复诉讼。而人民法院对行政行为合法性的审查，主要是依据行政诉讼法的规定，审查行政行为是否超越职权、滥用职权、违反法定程序、主要证据是否充分、适用法律法规是否错误等。两者并不相同。
土地权属登记（包括土地权属证书）即便在生效裁判和仲裁裁决中作为定案证据，也并不意味着其不具有可争议性。利害关系人依法对该登记行为提起诉讼的，人民法院应当依法受理，并对登记行为的合法性进行审查。
