根据土地权属争议产生时间和土地权利证书发放时间的不同，可以将土地权属争议划分为以下三种情形：第一种是争议产生时当事人均无有效的土地权利证书，第二种是争议产生时一方当事人已取得土地权利证书，第三种是争议产生时当事人各方均持有有效的土地权利证书。在审理土地确权引发的案件时，就应当正确认识土地权属争议与土地权利证书争议、土地权利证书与土地权属之间的区别。
当事人取得争议土地的权利证书后，土地的权属就应当已经清楚、明确。因为政府颁发土地权利证书应遵循“权属合法、界址清楚、面积准确”原则，颁证也必须经过当事人申请、国土部门地籍调查、权属审核、注册登记、颁发证书等法定程序。在登记发证过程中，发生权属争议的，就应当暂缓登记。
如果土地权属争议发生在登记发证后，那么异议人只能在法定期限内对颁证行为提起行政诉讼。人民法院在对颁证行为合法性审查时，一并对权属问题作出认定。人民法院既可能作出维持原颁证行为判决，也可能作出驳回原告诉讼请求判决，还可能以权属存在不确定状态或者颁证程序不合法为由，撤销政府的颁证行为。人民法院审查后认为权属不清或者权属存在争议的，只能撤销政府的颁证行为，不能直接责令政府对争议土地作权属处理决定。
虽然通常情况下，人民政府机关作出权属处理决定必须以当事人提出土地权属申请为前提，但由于人民法院判决已经认定争议土地权属处于不确定状态，土地权属争议客观存在，因此，为了及时解决权属纠纷、有效化解土地争议，提高权属争议处理的效率，并减少当事人的诉累，人民法院以权属不清或者权属存在争议为由判决撤销颁证行为的，也可直接判决责令政府机关重新对权属争议作处理决定。
异议人对土地权属有异议，对颁证行为提起行政诉讼，人民法院在诉讼过程中，能否中止审理，要求当事人申请土地权属处理，存有一定争议。由于政府颁发的土地权利证书仍然存在，在该证未被撤销、仍然有效的情况下，当事人只能针对颁证行为起诉，政府也不能再另作权属处理决定。对此问题，不能一概而论，现行的法律规范和法学理论并没有排除人民法院可以先行中止对颁证行为引发的行政案件的审理，并责令或者要求当人申请作权属处理决定。人民法院在颁证行为引发的行政诉讼案件中，完全可以根据案情，基于诉讼经济和对权利人最小侵害原则，中止案件审理。主要理由如下：
第一，政府的颁证行为本身只是对当事人土地权利的一种确认和登记。土地权利证书虽然是土地权利的一种有效凭证，土地权利证书本身只是土地权利的证明，而不是土地权利的来源凭证，土地的划拨、出让、转让、承包、继承等法律行为才是导致权利人取得土地权利的唯一来源。政府的登记发证只是从法律上确认和宣告权利人的权利，从而防止任何单位和个人侵犯土地权利，并且对抗善意第三人。
从法律层面来看，政府的颁证行为不会增加土地权利人权利，也不应减损权利人的权利，它是代表国家行使一种确认的权利。这种确认甚至可以不认为是一种许可。当事人持有的土地权利证书，并非土地权属的唯一凭证，也并不意味着其后的土地权属处理决定就必须与其完全一致。在权属争议产生后，争议土地的土地权利证书就仅仅是“土地权属证明文件”以及“人民政府颁发的确定土地权属的凭证”的一种。与其他证据相比，土地权利证书作为国家机关制作的公文书证，具有很高的证明力，权利证书所记载的内容无相反证据也不得推翻，但土地权利证书显然并不是确定权属的唯一凭证。
第二，政府的颁证行为通常是对整个宗地进行的登记发证，而异议人提出的异议，可能并不针对整个宗地，而可能只针对其中的一部分，甚至是很小的界址不清的部分。如果因局部宗地的权属不清，就动辄撤销整个宗地的权利证书，可能严重不符合比例原则，会对权利证书的持有人造成较大的侵害。人民法院在此类案件中，完全可以中止对整个颁证行为的审理，要求当事人先行对争议的界址纠纷或部分宗地的权属申请处理。
第三，人民法院对被诉的颁证行为的合法性进行审查，行政机关只能提供其在颁证时已经取得的证据，也不能收集和补充证据；而异议人在行政登记发证程序中未提出异议，在诉讼过程中才出示新的证据和抗辩理由的，政府的颁证行为就可能存在权属不清的可能性，人民法院在审理中也会得出事实不明、真伪不清的情况，难以判断登记发证究竟是对还是错。由于法官又不能拒绝裁判，而一个较为现实的选择就是法官在难以形成心证，对权属归属不明的情况下，一律判决撤销颁证行为。而在经过一系列确权和诉讼程序后，仍然可能按原被诉的颁证内容进行登记发证。这一方面增加了诉讼成本，另一方面也会因简单撤销颁证行为给真正的权利人带来较大的影响。
