由于房屋征收部门与征收实施单位之间的委托属于内部关系，作为行政相对人的被拆迁人无从知晓其具体委托代理事项、权限和期间等内容，也无力与行政权力进行对抗，对征收实施单位超出委托范围实施的与房屋征收补偿相关的行为被征收人仍可以房屋征收部门为被告提起诉讼。房屋征收部门以征收实施单位超出委托范围进行抗辩的，人民法院可以追加征收实施单位为第三人。征收实施单位超出委托范围实施的与房屋征收补偿相关的行为给被征收人造成损失的，仍应当由房屋征收部门进行赔偿。房屋征收部门对被征收人进行赔偿后，有权向征收实施单位追偿。
房屋征收部门及房屋征收实施单位的认定
房屋征收部门是能够独立承担法律责任的行政主体。由于目前全国地方机构设置和职能分工不同，需要由市、县级人民政府确定一个房屋征收部门具体负责房屋征收的组织实施工作。房屋征收部门的设置一般有两种形式：一是市、县级人民政府设立专门的房屋征收部门；二是在现有的部门（如房地产管理部门、建设主管部门）中，确定一个部门作为房屋征收部门。如市、县级人民政府未确定房屋征收部门或者其指定的房屋征收部门不明确，被征收人对房屋征收补偿过程中的具体实施工作不服，仍可以市、县级人民政府为被告提起行政诉讼。
受委托的房屋征收实施单位，只要求其不得以营利为目的。一般来说，企业是从事生产、流通、服务等经济活动，以生产或服务满足社会需要，实行自主经营、独立核算，依法设立的一种营利性组织。为了公共利益的需要，对被征收人的房屋实施征收，具有强制性。由以营利为目的的企业实施，可能会造成这些单位利用强制性，在房屋征收补偿工作中谋取利润最大化，克扣被征收人的补偿费用，损害被征收人合法权益。因此，承担房屋征收与补偿工作的实施单位，应当是不以营利为目的的，其所需工作经费应当由政府财政予以保障。
不能混淆市、县级人民政府在房屋征收补偿工作中应负有的职责和其对房屋征收部门应尽的层级监督职责
房屋征收与补偿的主体是市、县级人民政府，被征收人对其作出的征收决定、征收补偿决定不服提起诉讼的，应当以市、县级人民政府为被告。而房屋征收部门组织实施该行政区域的房屋征收与补偿工作，被征收人对房屋征收部门组织实施房屋征收与补偿工作过程中作出的行政行为不服，则应当以房屋征收部门为被告。
上级人民政府应当加强对下级人民政府房屋征收与补偿工作的监督，任何组织和个人对发现的相关违法行为，有权向有关人民政府举报，有关人民政府也有权对相关违法责任人员作出处理。但上级人民政府不改变或者不撤销所属各工作部门及下级人民政府决定、命令的，一般并不直接设定被征收人新的权利义务，被征收人可以通过直接起诉所属工作部门或者下级人民政府作出的行政行为来维护其合法权益。在存在更为有效便捷的救济方式的情况下，被征收人坚持起诉人民政府不履行层级监督职责，不具有权利保护的必要性和实效性，也不利于纠纷的及时解决，且易于形成诉累。因此，在房屋征收补偿案件的审理过程中，应注意区分市、县级人民政府的职责和其确定的房屋征收部门的职责，被征收人对房屋征收部门组织实施房屋征收与补偿工作过程中作出的行政行为不服，应当以房屋征收部门为被告。如其坚持以市、县人民政府为被告，应依法裁定不予立案或者驳回起诉。
