在现代行政中，行政合同作为一种新型行政方式，之所以能够异军突起，大有后来居上之势，归根结底是因为其具有传统的行政行为所无法替代的功能。行政合同在保证行政目的实现上具有独特功能，具体可分为以下四个方面:
1.减少行政阻力功能
传统行政模式下，政府的政策靠单方的强力推行，那个时代已一去不复返。现代行政模式下，政府往往须得到相对人的自愿合作才能取得理想效果，而行政合同在获得相对人自愿合作方面具有突出的优势。行政行为依行政机关单方意志即可生效、对相对人产生拘束力，行政行为所形成的是一种以强制为后盾的命令——服从关系，这种令人生畏的行政方式有时很难取得相对人的自愿合作。行政合同则不同，其以政府和相对人双方意思表示一致为生效要件，相对人参与行政的主动性远大于行政行为，政府在合同中可以对相对人作出妥协、让步，更重要的是，通常情况下合同可以给相对人带来丰厚的回报。行政合同所体现的行政民主化特点及明显或潜在的获利机会对于相对人有极大的吸引力，这是换取相对人自愿合作的重要砝码。在以合同为行政方式情形下，行政目的主要通过合同的自觉履行来实现，强制手段是一种次要的辅助手段，常常备而不用。行政合同在获得相对人合作，减少行政阻力方面具有卓越功能。
2.定分止争功能
“定分”方可“止争”。这里所谓定分，是指使行政法律关系的内容具体化、清晰化。行政合同在“定分”上具有突出功能。首先，尽管行政事务的复杂性常常会使相对人感到困惑，但只有自己才最清楚自己的利益之所在这一基于人性常识的一个普遍公理，在很大程度上仍然是正确的。在行政法律关系中，要想明确行政主体与相对人的权利义务内容，莫过于给相对人提供尽可能深入的参与机会，行政合同则是最符合此要求的行政方式。
其次，行政合同具有具体行政行为所缺少的一种协商机制，这种机制允许双方自由交换意见、讨价还价，如果合同双方能够充分利用这种机制，他们的权利义务内容就可以落实到非常具体、清晰的程度。行政合同有助于明确行政法律关系的内容，避免双方产生歧义，因此，往往可以避免纠纷的产生，即便产生纷争，亦便于解决。比较而言，具体行政行为虽然也具有“定分”之功能，但由于行政行为受到法律规制的程度远较行政合同为大，特别是对于羁束行政行为行政机关没有选择权，只能用同一个标准适用于同类性质但情形各异的行政管理事项，即便具有一定的自由裁量权，在“定分”功能方面也相当有限，标准的掌握也往往显得粗略，不如行政合同那样精细和恰如其分。
3.补充法律不足功能
具体行政行为方式由于受到依法行政原则尤其是法律保留原则的严格约束，在法律规范不足之处，即在法律规定不明确或出现漏洞的时候，很难有所作为，而行政合同却可以大显身手。行政合同虽然也受到依法行政原则的规制，但受规制的程度与具体行政行为不同，其只适用法律优先原则，而不适用法律保留原则，这使得行政合同具有灵活性和机动性的特点。该特点使其在法律规范不足之处能够发挥出行政的能动性，如前所述的日本公害防止协定就是最典型的事例。可以说，行政合同之所以能够为现代行政所青睐，在很大程度上是由于其所具有的法律不足补充的功能。
4.促进公益与私益平衡功能
在规制行政中，代表公益的具体行政行为以单方意志和强制手段为主要特征，与相对人的私益之间是命令与服从的关系，行政意志往往不必顾及私益的存在，公益恒高于私益，这种行政手段的使用如不适当，则必然会损害相对人的利益，同时也将影响行政目的的实现。而行政合同作为一种特殊的行政手段，公益与私益之间有条件维持一种微妙的平衡，相对人的正常利益要求可以得到满足，有利于公共利益目标的实现，这是行政合同的内在要求。行政机关要想完成行政任务，实现行政目标，就必须对相对人的正当利益予以充分尊重。因此，行政合同的广泛运用必然有助于促进公益与私益的平衡。
