应当注意以下几个问题：
（一）关于自我纠错的权力限制问题
承认行政机关的自我纠错职权，并不是说行政机关自我纠错职权是不受限制的。行政机关自我纠错职权主要受到以下几方面的限制：第一，纠错职权范围限于正向的行政职权范围。新的决定内容只能在该行政机关法定的职权范围内作出，否则构成行政越权，新的行政行为同样是不合法的。如果前一个行为属于超越职权的行政行为，行政机关作出新的行政行为只能撤销旧的行政行为，移送其他有权机关处理，不得作出其他超越职权范围的处理内容。
第二，自我纠错也应当遵守正当程序原则。根据依法行政原则，行政机关也应当遵守正当程序，在撤销相关行政行为有可能对相关当事人权利义务造成不利影响的，应当听取其意见，告之拟作出的处理决定的内容，给予当事人陈述申辩的权利。在妥善处理好相关当事人的合法权益问题后，再作出撤销违法行政行为的处理，这样就不会引起相关利益主体的不满带来的社会不稳定。
第三，行政机关自我纠错行为要接受上级行政机关和司法机关的监督。对行政机关的自我纠错行为，当事人可以向其上一级行政机关申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼。自我纠错形成的决定本身就是一个新的行政行为，对这个新的行政行为不服，当事人有权复议和诉讼。如果是复议机关自我纠错，撤销自己作出的行政复议决定，在法律、法规规定复议前置的案件中，当事人对新的撤销复议决定行为提起诉讼，是否还需复议前置？不再需要。因为复议程序已经经过，撤销复议决定的行为已经是对复议决定的再处理，如果再要求当事人还需经过复议程序，程序过于繁琐，不利于当事人合法权利的及时救济。对该行为可以由当事人自主选择是继续向上一级行政机关申请行政复议，还是直接向人民法院提起行政诉讼。
（二）对于答复中“因行政机关改变或者撤销其原行政行为给当事人造成损害的”理解问题
“因行政机关改变或撤销其原行政行为给当事人造成损害的，行政机关应该承担相应的责任。”行政机关纠正原行政行为错误，会使当事人先前的投入成为泡影，造成损失。但这个损失实际并不是自我纠错行为造成的，当事人原本就不应当进行投入，其投入本身是一个错误，这个错误是原行政行为造成，而不是新的纠错行政行为造成的。
自我纠错与因法律、规划、形势等发生重大变化，行政机关依法终止原行政行为的效力不同，情事变更引起的行政机关改变或终止原行政行为的履行，其损失属于新的行政行为造成的，这里行政机关应承担的是信赖保护补偿责任。但原行政行为违法，行政机关自我纠错，行政机关承担的则主要是违法赔偿责任。必须将这两种不同情形的不同责任区分清楚。
