根据《行政诉讼法》及其司法解释的规定，登记类行政诉讼案件的被告应按以下方式确定:(1)法律、法规、规章规定的具有行政登记权的行政机关或其他组织实施的登记行为，该有权机关或组织是行政诉讼的适格被告。(2)行政机关组建并赋予行政管理职能但不具有独立承担法律责任能力的机构，以自己的名义作出的行政登记行为，当事人不服提起诉讼的，应当以组建该机构的行政机关作为被告。
(3)行政机关的内设机构或派出机构在没有法律、法规或者规章授权的情况下，以自己的名义作出行政登记行为，当事人不服提起诉讼的，应当以该行政机关为被告。(4)法律、法规或规章授权行使行政职权的行政机关内设机构、派出机构或其他组织，超出法定授权范围实施行政登记行为，当事人不服提起诉讼的，应当以实施该行为的机构或者组织为被告。(5)行政机关在没有法律、法规或者规章规定的情况下，授权其内设机构、派出机构或其他组织行使行政职权的，应当视为委托。
当事人不服提起诉讼的，应当以该行政机关为被告。在审判实践中，常见的涉及行政诉讼被告确定的主要问题在于具体负责办理行政登记事宜的行政机关与享有行政登记权的登记机关不一致。举例来说，根据建设部《房屋权属登记管理办法》的有关规定，直辖市、市、县人民政府房地产行政主管部门负责本行政区域内的房屋权属登记管理工作，并没有规定市辖区或相当于县级的区房地产行政主管部门有行政登记的职权。而实践中，登记的具体经办机构往往是区房地产行政主管部门，上级主管部门只是根据其审核结果制作权属凭证并签章。在这种情况下，根据上述法律规定，作为行政诉讼被告的行政机关应当为法律、法规、规章授权的行政机关，而不是具体的经办机关。
