作出批准决定的法定主体仍然是国务院和省级人民政府，其主要考虑是征地属于国家强制性权力的行使，关系重大社会利益调整和农民的切身利益，必须持高度审慎的态度，避免地方政府因片面追求区域经济建设滥用征地权，损害农民利益。
关于征地审批权限。国务院审批事项突出重点，主要聚焦永久基本农田保护和大规模征地，包括：永久基本农田；永久基本农田以外的耕地超过35公顷的；其他土地超过70公顷的。其他的由省级人民政府审批。涉及永久基本农田的，和农用地转用审批项目一样，都属于国务院审批事项，体现的是严格保护永久基本农田的精神，除此以外，大规模征地的涉及利益较广，容易引发社会矛盾，因此将征地审批权限也规定为国务院，体现审慎的态度，有利于维护群众合法权益。
关于征地与农用地转用两个审批事项的衔接，分为以下三种情况：一是经国务院批准农用地转用的，同时办理征地审批手续。这主要是指按照规定的占用永久基本农田的项目等，国务院批准农用地转用时，同时批准征收土地，无须另行报批。这样可以简化手续，提高办事效率，减轻基层政府和建设单位的负担。
二是经省、 自治区、直辖市人民政府在征地批准权限内批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批，这主要指农用地转用批准权和征收土地的批准权都属于省级人民政府的，由省级人民政府同时办理农用地转用和征收土地审批手续。
三是超过征地批准权限的，应依照规定另行办理征地审批，其他城市的批次用地由省、 自治区、直辖市人民政府及其授权的设区的市、 自治州人民政府批准农用地转用的，但是由于土地面积过大等原因超过省级政府批准征地权限的，需要申请国务院办理征地手续。
