上级城乡规划主管部门在监督检查过程中，发现有关城乡规划主管部门及其工作人员违反城乡规划法律、法规的规定，核发规划行政许可的，有权责令其撤销该行政许可或者直接撤销该行政许可。有下列情形之一的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可：行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的；超越法定职权作出准予行政许可决定的；违反法定程序作出准予行政许可决定的；对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的；依法可以撤销行政许可的其他情形。
对核发建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等行政许可的条件和程序作出了明确规定，例如，在城市、镇规划区内以划拨方式提供国有土地使用权的建设项目，经有关部门批准、核准、备案后，建设单位应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出建设用地规划许可申请，由城市、县人民政府城乡规划主管部门依据控制性详细规划核定建设用地的位置、面积、允许建设的范围，核发建设用地规划许可证。以出让方式取得国有土地使用权的建设项目，在签订国有土地使用权出让合同后，建设单位应当持建设项目的批准、核准、备案文件和国有土地使用权出让合同，向城市、县人民政府城乡规划主管部门领取建设用地规划许可证。
在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。城乡规划主管部门应当严格按照上述法定的条件和程序核发建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等，即依法作出行政许可。如果城乡规划主管部门违反本法规定的条件和程序核发建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等，上级城乡规划主管部门就有权责令其撤销或者直接撤销该行政许可。
因依法修改城乡规划给被许可人合法权益造成损失的补偿
公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变已经生效的行政许可。行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。在城乡规划的实施过程中，城乡规划主管部门依据经法定程序批准的城乡规划，核发选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证或者乡村建设规划许可证。在核发这些许可证书后，规划主管部门不得擅自改变已经生效的行政许可。但由于客观情况发生了重大变化，为了公共利益的需要，城乡规划可以依法做出相应的修改。由于城乡规划的修改，就有可能导致城乡规划主管部门变更或者撤销原发放的行政许可证书，这时就要对被许可人合法权益造成的损失给予补偿。
城乡规划主管部门按照法定的条件和程序核发选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证或者乡村建设规划许可证后，取得该许可的被许可人即取得了从事该项行为的合法权利。如果此时城乡规划被修改，并导致被许可人的合法权益受损的，应当依法给予补偿。
修改城乡规划是依法修改，即依照规定的权限、条件和程序对城乡规划所做的修改，反之非依规定的权限、条件和程序对城乡规划的修改，都是不合法的，都是没有法律效力的，也就不能构成《城乡规划法》规定的给予补偿的条件。
