在流转过程中，流转对象范围较局限，多为流出方的亲属或朋友，且流转形式多为口头协议，没有正式的书面协议，从经济学角度出发，如果流转双方都是追求利益最大化的“理性经济人”，流转双方违约的情况就会普遍发生，对于双方权利义务的界定以及违约责任并没有成文的规定，一旦出现违约无法追究违约者的责任。还有些地方虽然成立了土地流转平台，但形同虚设，该平台没有系统性体系，对于农地流转价值没有科学合理的参考标准，导致农地低价流转的混乱性与无序性。
农村土地作为一种不动产，对其土地权属进行变更时应遵循严格的登记公示制度。由于我国对农村土地的政策和法律规定模糊，导致农村土地在流转过程中缺乏相应的登记公示制度，从而引发大量纠纷案件。主要存在如下几种情形：一是土地承包经营权初始登记四至不规范。目前有的村庄土地没有登记，有的村庄土地登记的四至仅凭村民之间的私自约定，或历史记忆，并无四至明确划分，有的与他人土地发生互换，却未办理任何变更登记手续，导致土地流转中，因农民土地承包经营权登记的不规范，又在利益驱动下，发生大量纠纷。二是土地承包经营权权利主体登记不清晰。
一般目前我国主要是通过户主作为承包经营权证的登记主体，在户主缺失的情况下，未及时进行变更登记，对户内其他成员的权利也未作明确，导致承包土地陷入权属不清的状态。每个户内成员享有土地份额不明，极易引发土地纠纷。三是土地承包经营权的流转登记制度缺乏。土地作为农户最基本的生产资料，在流转规定上一定要严格，目前土地流转并无严格的程序规定，也无明确的登记公示制度。
土地流转程序包括土地流转应遵循的步骤、采取的方式，以及土地流转完成后的备案等。我国对土地流转的程序尚未健全，规范的土地流转机制还没有建立，农村土地流转过程缺乏完备的手续、必要的土地中介组织，土地流转各方不能及时进行有效的信息沟通，加上农村农民的法律意识淡薄、行为不规范，从而阻碍农村土地流转。大多数农户之间的转包、互换、出租采用“口头约定”的方式，不遵循一定的程序和履行必要的手续，不知道利用土地流转合同来规范双方的权利义务。有的即使签订了书面流转合同，内容也是不完整的，也不同程度地存在概念不清、约定不明、权利义务不确定等问题，有的甚至不具有法律效力，如擅自改变土地农业用途。这些为日后土地纠纷与矛盾留下了许多隐患，一旦形成纠纷，还难以查证约定的内容，处理起来难度相当大。
