农村房屋买卖合同纠纷和宅基地使用权纠纷二者既有联系也有区别。农村房屋是建立在宅基地使用权基础之上，结合“房地一致”原则，两类纠纷的处理一致，但是宅基地使用权主要是针对农村土地发生的纠纷，而农村房屋买卖合同纠纷主要是针对房屋发生纠纷，二者在取得和处分上也有不同。农村房屋买卖合同纠纷根据买受人身份不同分为三类：一是本集体经济组织成员之间的农村房屋买卖；二是本集体经济组织成员向其他集体经济组织成员出售农村房屋；三是城镇居民购买农村居民房屋。农村房屋买卖合同纠纷案件类型多样，但分布相对集中，主要集中在向本集体经济组织成员外出售房屋的情形中，本集体经济组织成员之间的房屋买卖相对较少。从现行司法实践来看，对农村房屋买卖纠纷的处理，基本上秉持有限承认合同有效的原则，即除同一集体经济组织成员间进行买卖的合同关系认定为有效合同外，其他原则上认定无效。
农村房屋买卖合同有效的情形：
1.出卖人和买受人均是同一村的村民。如果出卖人和买受人均是同一个村的村民，那么该合同是符合法律规定的，买卖合同当然有效。2.买受人在买卖房屋时与出卖人不是同一个村的村民，但是，之后将户口迁入该村。那么，由于买受人具备了同一个村村民的资格，属于同一集体经济组织成员，买卖合同有效。3.房屋买卖合同经过多次流转，最后流转到同一个村村民手里，那么该房屋买卖合同也有效。 4.农村房屋买卖合同的买受人在购买房屋时是村民，后又转为居民的，不影响合同的效力。
但在处理此类纠纷时，应在综合考量具体因素基础上，坚持如下处理原则：
坚持法律与政策相结合的原则：农村房屋买卖行为的政策性强，遵循“有法依法，无法依政策”的原则，在法律、法规没有规定时，可以国家政策和地方政策为补充，但是，最理想的状态是优先适用法律、法规，维护法律、法规的效力位阶和应有权威，保障法定主义的应有地位。目前有些地方，承认农村房屋买卖合同的效力，在审理时应结合地方政策统一予以认定。
坚持个案平衡的原则：在确认合同无效后，还要妥善处理损失赔偿问题，避免当事人利益失衡，应综合考虑当事人的过错，房屋购买的时间、装修、改建、拆迁、房价变动等因素确定各自应承担的民事责任，尤其是对出卖人因土地升值或拆迁补偿所获得利益与买受人因房屋现值和原买卖差价造成的损失，予以平衡，不能让不诚信的一方因此获益。
“一户一宅”原则是指农村村民一户只能申请一处宅基地，如果将原有宅基地上住宅房屋出卖或者出租后，不能再行申请另处宅基地。相反上述法律条文中也间接肯定了村民出卖住房的行为，只是禁止卖房后再次申请宅基地。
新农村建设政策不完善、缺乏系统规划，但受利益驱动，利用新农村建设政策开发建设房屋的现象迅速增长，由此产生的房屋买卖合同案件也迅速增加，且表现形式多样化。对涉及向不特定公众销售房屋以及其中可能涉及违反土地管制、规划许可等情形，应审慎受理。若处理不当，甚至会引发更多矛盾纠纷。
