行政复议程序是指行政复议活动所必须遵循的步骤、方式、时限、顺序等。行政复议程序是介于一般行政程序与司法程序之间的准司法性的程序，注重保障复议活动的公正性与合理性，同时也具有简易、高效的特点。行政复议程序分为申请、受理、审理、决定、送达与执行等阶段。
复议的申请：复议申请是指相对人对行政主体的行政行为不服而向复议机关提出请求复议的申请的行为。行政复议具有“不告不理”的特点，可见，复议申请是启动复议程序的前提。
复议申请的法定期限：复议申请的期限。根据复议时效原则，复议申请人必须在法定期限内提出复议申请，若超过法定期限就将丧失申请复议的权利。“公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起60日内提出行政复议申请；但是法律规定的申请期限超过60日的除外。”可见，“自知道该具体行政行为之日起60日内”就是复议申请的法定期限。但如果单行法所规定的复议申请期限超过该法定期限时，则以该单行法规定的期限为准；如果单行法规定的复议申请期限少于60日时，“本法施行前公布的法律有关行政复议的规定与本法的规定不一致的，以本法的规定为准。”即应以《行政复议法》所规定的60日为准。可见，60日是复议申请的最低期限。
复议申请期限的计算。“知道该具体行政行为之日”是计算复议申请期限的起点，但由于“知道”含有一定的主观性，为此，《行政复议法实施条例》规定了复议申请期限的具体计算规则。
作为性行政行为复议申请期限的计算。对于行政主体作出的行政行为不服而提出复议申请的，申请期限按照以下规则计算：当场作出具体行政行为的，自具体行政行为作出之日起计算；载明具体行政行为的法律文书直接送达的，自受送达人签收之日起计算；载明具体行政行为的法律文书邮寄送达的，自受送达人在邮件签收单上签收之日起计算；没有邮件签收单的，自受送达人在送达回执上签名之日起计算；具体行政行为依法通过公告形式告知受送达人的，自公告规定的期限届满之日起计算；行政机关作出具体行政行为时未告知公民、法人或者其他组织，事后补充告知的，自该公民、法人或者其他组织收到行政机关补充告知的通知之日起计算；被申请人能够证明公民、法人或者其他组织知道具体行政行为的，自证据材料证明其知道具体行政行为之日起计算。此外，行政机关作出具体行政行为，依法应当向有关公民、法人或者其他组织送达法律文书而未送达的，视为该公民、法人或者其他组织不知道该具体行政行为。
不作为性行政行为复议申请期限的计算。申请行政机关履行法定职责，行政机关未履行的，行政复议申请期限依照下列规定计算：有履行期限规定的，自履行期限届满之日起计算；没有履行期限规定的，自行政机关收到申请满60日起计算。但是，公民、法人或者其他组织在紧急情况下请求行政机关履行保护人身权、财产权的法定职责，行政机关不履行的，行政复议申请期限不受上述规定的限制。
复议时效的中止。复议时效的中止是指因不可抗力或其他正当理由耽误法定申请期限的，复议时效的中止，申请期限自障碍消除之日起继续计算。“不可抗力”是指不能预见、不能避免并不能克服的客观情况，如地震、水灾、战争等；“其他正当理由”包括申请人病重、代理人死亡或丧失民事行为能力等。时效的中止是指自不可抗力或者其他正当理由发生之日起到其消除之日为止暂时停止计算日期，自障碍消除之日起继续计算，而非重新计算。
行政主体的告知义务与复议申请期限的关系。“行政机关作出的具体行政行为对公民、法人或其他组织的权利、义务可能产生不利影响的，应告知其申请行政复议的权利、行政复议机关和行政复议申请期限。”由此确立了行政机关的告知义务，但该条款并没有规定如果行政主体不履行告知义务的法律后果。从“正当法律程序”原则来看，行政主体如果违反告知义务，就应当承担相应的法律后果。
从行政诉讼法的相关规定来看，《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》规定：“行政机关作出具体行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织诉权或者起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但从知道或应知道具体行政行为内容之日起最长不得超过2年。”可见，在《行政复议法》中对于行政主体不履行或错误履行告知义务的法律后果也应当明确规定。
复议申请的方式：复议申请的方式是指相对人提出复议请求的具体形式。申请人申请行政复议，可以书面申请，也可以口头申请。可见，复议申请包括书面申请与口头申请两种方式。
书面申请。申请人书面申请行政复议的，可采取当面递交、邮寄或者传真等方式提出行政复议申请。有条件的行政复议机关可以接受以电子邮件形式提出的行政复议申请。
申请人书面申请行政复议的，应在行政复议申请书中载明下列事项：申请人的基本情况，具体包括：公民的姓名、性别、年龄、身份证号码、工作单位、住所、邮政编码；法人或者其他组织的名称、住所、邮政编码和法定代表人或主要负责人的姓名、职务；被申请人的名称；行政复议请求、申请行政复议的主要事实和理由；申请人的签名或盖章；申请行政复议的日期。此外，有下列情形之一的，申请人还应当提供证明材料：认为被申请人不履行法定职责的，提供曾经要求被申请人履行法定职责而被申请人未履行的证明材料；申请行政复议时一并提出行政赔偿请求的，提供受具体行政行为侵害而造成损害的证明材料；法律、法规规定需要申请人提供证据材料的其他情形。
口头申请。口头申请的，行政复议机关应按复议申请书的格式当场记录申请人的基本情况、行政复议请求、申请行政复议的主要事实、理由和时间等，并当场制作行政复议申请笔录交申请人核对或者向申请人宣读，并由申请人签字确认。
复议申请的受理：复议申请的受理是指申请人提出行政复议申请后，行政复议机关通过对复议申请的审查，认为该申请符合法定条件时，接受申请并予以立案的行为。行政复议申请的提出是行政复议程序启动的前提，但复议申请只有在被复议机关受理之后才意味着复议程序的启动。
受理复议申请的条件：申请行政复议应符合以下条件：提出申请者具有复议申请人的资格，与具体行政行为之间具有利害关系；有明确的复议被申请人，而且被申请人必须正确，如果错列被申请人的，行政复议机关应告知申请人变更被申请人；有具体的行政复议请求、申请行政复议的主要事实和理由；属行政复议的法定受案范围；复议机关正确，即向具有管辖权的复议机关提出复议申请，复议的内容属于复议机关的职权范围；复议申请的形式合法，并且在法定期限内提出；法律规定的其他条件，如对于人民法院已依法受理的案件，不得申请行政复议。
对复议申请的处理：行政复议机关在收到申请人的复议申请后，应当及时对该申请进行审查，并作出相同的处理。
受理决定。行政复议机关收到行政复议申请后，应在5日内进行审查。原则上对于复议申请必须受理，而且，自行政复议机关负责法制工作的机构收到之日起即为受理。但存在以下不予受理决定或通知补正等例外情况。
不予受理决定。行政复议机关对于不符合《行政复议法》规定的行政复议申请，决定不予受理，并书面告知申请人。对符合本法规定，但是不属于本机关受理的行政复议申请，应当告知申请人向有关行政复议机关提出。
通知补正。行政复议申请材料不齐全或者表述不清楚的，行政复议机构可以自收到该行政复议申请之日起5日内书面通知申请人补正。补正通知应载明需要补正的事项和合理的补正期限。无正当理由逾期不补正的，视为申请人放弃行政复议申请。补正申请材料所用时间不计入行政复议审理期限。
复议申请的转送。对派出机关、派出机构、授权组织、多个行政机关共同、被撤销的行政机关作出的行政行为不服而提出复议申请时，复议的管辖权比较复杂，对于一般的申请人来说未必知晓。为了方便申请人提出复议申请，申请人也可以向具体行政行为发生地的县级地方人民政府提出行政复议申请，接受申请的地方人民政府在自接到申请的7日内，应转送有关行政复议机关，并告知申请人，接受转送的机关应对申请人的申请进行审查，作出是否受理的决定。
复议申请受理争议的解决：申请人就同一事项向两个或两个以上有权受理的行政机关申请行政复议的，由最先收到行政复议申请的行政机关受理；同时收到行政复议申请的，由收到行政复议申请的行政机关在10日内协商确定；协商不成的，由其共同上一级行政机关在10日内指定受理机关。协商确定或者指定受理机关所用时间不计入行政复议审理期限。
复议申请受理的监督：公民、法人或其他组织依法提出行政复议申请，行政复议机关无正当理由不予受理的，上级行政机关当责令其受理。具体而言，上级行政机关认为行政复议机关不予受理行政复议申请的理由不成立的，可以先行督促其受理；经督促仍不受理的，应责令其限期受理，必要时也可直接受理；认为行政复议申请不符合法定受理条件的，应告知申请人。
