市、县级人民政府负责本行政区域内的房屋征收与补偿工作。其中，市级人民政府包括直辖市以外的设区的市、直辖市所辖区、自治州人民政府等；县级人民政府，主要指不设区的市、市辖区（直辖市所辖区除外）、县、自治县人民政府等。
根据我国的地方人民政府行政层级划分，市级人民政府行政层级高于县级人民政府，除直辖市外的设区的市与其市辖区都有房屋征收与补偿工作职权，两者之间权限如何划分，《国有土地上房屋征收与补偿条例》及其他全国性法律规范未作明确规定，通常由行政层级较高的设区的市人民政府确定。如《青岛市国有土地上房屋征收与补偿条例》就对青岛市与其所辖的区（市）在房屋征收与补偿方面的职权划分作了规定。
市、县级人民政府在房屋征收与补偿中的工作职责主要有以下几项：确定房屋征收部门组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作；作出房屋征收决定并公布；组织有关部门对房屋征收补偿方案进行论证并予以公布，征求公众意见；在因旧城区改建需要征收房屋、多数人不同意的情况下举行听证会；对房屋征收进行社会稳定风险评估；制定房屋征收的补助和奖励办法；组织有关部门对征收范围内未经登记的房屋进行调查、认证和处理等。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》相比于《城市房屋拆迁管理条例》进步之处主要体现在以下四个方面：
规定了只有为了特定公共利益的需要，才能征收单位、个人的房屋，同时明确了征收后要对被征收房屋所有权人给予公平补偿。首次明确规定了房屋征收与补偿的基本原则，用以指导房屋征收与补偿工作。房屋征收与补偿应当遵循决策民主、程序正当、结果公开的原则。
在房屋征收与补偿的主体方面，《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定房屋征收与补偿的主体只能是政府，而《城市房屋拆迁管理条例》规定只要取得拆迁许可证的单位就可成为拆迁主体，实施房屋征收与补偿。从近几年的实践看，由于拆迁进度与建设单位的经济利益直接相关，容易造成拆迁人与被拆迁人矛盾激化。明确只能由政府部门组织房屋征收与补偿，能够有效避免拆迁矛盾的产生与激化，切实维护被征收人的利益。
为了保障房屋被征收群众的利益，《国有土地上房屋征收与补偿条例》按保证房屋被征收群众居住条件有改善、生活水平不降低的原则，规定了对被征收人的补偿包括：被征收房屋价值的补偿，因征收房屋造成的搬迁与临时安置的补偿，停产停业损失的补偿。市、县级人民政府应制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格，市场价格包含了土地使用权的价值，不低于市场价格就可以保证被征收人所得补偿在市场上能买到区位、面积、用途、结构相当的房屋。
