对于农村宅基地上房屋转让行为发生后如何处理的问题，在审判实践中通常存在以下几种情形：
对于发生在农村集体经济组织成员之间的农村房屋转让，如果查明无欺诈及显失公平的情形存在，应当认定房屋转让合同有效，驳回当事人要求退房退款的诉讼请求。对于将房屋出售给本集体经济组织以外的人员的，如果取得有关组织和部门批准，可认定合同有效，判决驳回当事人要求确认合同无效的诉讼请求。
对于将房屋出售给本乡（镇）以外的人员，未经有关组织和部门批准，合同尚未实际履行或者购房人尚未实际居住使用该房屋的，该合同应作无效处理，双方当事人应各自返还房屋及购房款。
对于将房屋出售给本集体经济组织以外的人员，未经有关组织和部门批准，但合同已实际履行完毕，且购房人已实际居住使用该房屋的，应本着尊重现状、维持稳定的原则，立足调解，承认购房人对房屋继续占有、居住和使用的权利。
对于将房屋出售给本集体经济组织以外的人员，未经有关组织和部门批准，但合同已实际履行完毕，且购房人已实际居住使用该房屋的，如果认定合同无效，在决定退房退款时，要全面考虑到合同无效对双方当事人的利益影响以及各方的过错责任大小，尤其是出卖人因土地升值或拆迁、补偿所获利益，以及买受人因房屋现值和原转让价格的差异造成的损失。此外，对于买受人已经翻建、扩建房屋的情况，应对其添附价值进行补偿。
满足哪些条件才能使宅基地使用权与房屋所有权一并转移。
按我国目前“房地一致”的原则，宅基地上的房屋转让涉及宅基地使用权的一并转让，宅基地使用权连同房屋所有权转移应符合一定条件：
履行相关审批手续。《房屋所有权证》是确认房屋所有权的合法凭证，《宅基地使用证》和《集体土地建设用地使用证》是农民合法取得宅基地使用权的重要凭据，因买卖房屋而转移宅基地使用权的，宅基地使用权主体发生变化，应当依照《土地管理法》《土地管理法实施条例》及其他规定履行审批等手续，并完成权利主体的变更登记。实践中有些地区的房屋管理部门和土地管理部门对房、地的管理脱节。
有些当事人在进行变更登记时，只到房屋管理部门办理产权过户登记手续，没有进行宅基地使用权的主体变更，从而使土地管理部门的工作陷入被动。有的当事人在进行买卖时未经任何部门批准，既没有进行房屋产权的变更登记，又没有完成宅基地的变更登记。严格地说，此类情况下宅基地使用权和房屋所有权并未发生转移。
受让人主体资格应受限制。宅基地分配制度的福利性必然产生权利主体的身份特定性与权利取得的受限性，使用权主体应是该农村集体经济组织成员，或与成员有直系亲属等关系，或具有其他特定的身份。因经济发展、人口流动等，原使用权人不再使用宅基地的，依法可以转让，但是，对于宅基地使用权的受让主体，应当有所限制。即宅基地使用权只可在本集体经济组织内部自由转让，一旦转让给城市居民或其他农业集体经济组织成员，受让主体便不再符合法定的条件，除非转让时，该受让人已经将户口迁入本乡或本村，成为本集体经济组织内部成员。
转让后原则上仍遵循“一户一宅”。《土地管理法》规定明确了宅基地“一户一宅”的原则。因此农民买卖房屋在涉及宅基地使用权的转移时，还应当满足宅基地标准的限制。当取得宅基地超过省、自治区、直辖市规定标准的，应在土地登记卡和土地证书内注明超标的数量。以后分户建房或现有房屋拆迁、改建、翻建或政府依法实施规划重新建设时，按当地政府规定的面积标准重新确定使用权，超过部分归还集体经济组织。实践中还有对超标部分由本集体经济组织收回，并对收回宅基地上的房屋给予适当补偿的做法。
