拟定征地补偿安置方案的市、县人民政府的上一级人民政府协调工作机构在收到被征地农村集体经济组织和农民的协调申请后，应严格按法定程序进行处理。
协调申请的受理。上一级人民政府协调工作机构在收到协调申请后，应在法定期限内对申请进行审查，对符合申请条件的，决定予以受理，并书面告知申请人；对不符合申请条件的，决定不予受理，并书面告知申请人。
在受理阶段要审查提起协调申请的主体身份是否适格，以及提请协调申请的争议是否在受理范围内，除此外，还会对其他一些事项予以审查。存在下列情形之一的，协调申请将不予受理：申请人与征地补偿安置无利害关系的；超过规定的期限提出申请的；经市、县人民政府协调已经达成协议，申请人又以同样理由申请裁决的；裁决机关已下达准予撤回裁决申请或裁决决定，申请人又以同样理由申请裁决的；申请人就同一争议提起行政复议或行政诉讼已受理的。
组织协调。上一级人民政府协调工作机构在受理协调申请后，应在法定期限内组织申请人、被申请人（一般为组织实施征地补偿安置方案的市、县人民政府自然资源主管行政部门）及其他有关单位进行协调，协调应当面进行。协调过程中，申请人与被申请人应充分陈述己方认定的事实、理由和依据，并在上一级人民政府协调工作机构的主持下，就争议的主要焦点展开充分协调。若申请人无正当理由拒不参加协调或未经许可中途退场，一般按协调不成处理。
协调结果。协调完成后，上一级人民政府协调工作机构应作出协调意见书，载明以下事项：协调时间、地点、参加人员等基本情况；申请协调的具体事项；申请人和被申请人陈述的事实、理由和依据；协调机关查明的事实、理由和依据；争议的主要焦点及协调结果；未达成一致意见的，申请人申请裁决的途径和时限。协调意见书应加盖人民政府印章，并送达申请人和被申请人。如协调达成一致意见，协调意见书经双方当事人签字同意后，即发生法律效力。
