土地权属争议，既包括土地所有权的争议，也包括土地使用权的争议。根据《土地管理法》《土地权属争议调查处理办法》规定，土地权属争议，首先由当事人协商解决；协商不成的，由相应的人民政府处理。个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级自然资源行政主管部门调查处理；个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，也可根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。
根据土地权属争议涉及的地理区域、当事人身份、社会影响的不同，土地权属争议的调查处理主体也有所不同：
首先，设区的市、自治州自然资源行政主管部门调查处理下列争议案件：跨县级行政区域的；同级人民政府、上级自然资源行政主管部门交办或有关部门转送的。
其次，省、自治区、直辖市自然资源行政主管部门调查处理下列争议案件：跨设区的市、自治州行政区域的；争议一方为中央国家机关或其直属单位，且涉及土地面积较大的；争议一方为军队，且涉及土地面积较大的；在本行政区域内有较大影响的；同级人民政府、自然资源部交办或有关部门转送的。
最后，自然资源部调查处理下列争议案件：国务院交办的；在全国范围内有重大影响的。
而对于申请人来说，既可向县级以上人民政府或乡级人民政府提出处理申请，也可以直接向有关的自然资源行政主管部门提出调查处理申请。但需要注意的是，下列案件不能作为争议案件由相关自然资源行政主管部门直接进行调查处理：土地侵权案件；行政区域边界争议案件；土地违法案件；农村土地承包经营权争议案件；其他不作为土地权属争议的案件。
须明确的是，土地权属争议调查依申请发起。土地权属争议的当事人申请调查处理土地权属争议的，应以书面形式提交申请书，申请书应载明以下事项：申请人和被申请人的姓名或名称、地址、邮政编码、法定代表人姓名和职务；请求调查处理的争议事项、事实和理由；证人的姓名、工作单位、住址、邮政编码。
对申请人提出的土地权属争议调查处理的申请，自然资源行政主管部门应审查申请人与争议的土地是否有直接利害关系，申请是否有明确的请求处理对象、具体的处理请求和事实根据，并在收到申请书之日起7个工作日内提出是否受理的意见。自然资源行政主管部门认为应受理的，在决定受理之日起5个工作日内将申请书副本发送给被申请人，被申请人应在接到申请书副本之日起30日内提交答辩书和有关证据材料，逾期不提交答辩书的，不影响案件的处理；认为不应受理的，应及时拟定不予受理建议书，报同级人民政府作出不予受理决定。当事人对不予受理决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
自然资源行政主管部门决定受理后，应及时指定承办人，对当事人争议的事实情况进行调查。承办人在调查处理土地权属争议过程中，可向有关单位或个人调查取证，认为有必要时也可以对争议的土地进行实地调查。通过调查，承办人如已查清事实、分清权属关系了，为确保真正做到定分止争，应先行调解，促使当事人以协商方式达成协议。调解达成协议的，应制作调解书，调解书经双方当事人签名或盖章，由承办人署名并加盖自然资源行政主管部门的印章后生效并具有法律效力，可作为土地登记的依据。调解未达成协议的，自然资源行政主管部门应及时提出调查处理意见，报同级人民政府作出处理决定。当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。在规定的时间内，当事人既不申请行政复议也不提起行政诉讼，处理决定即发生法律效力，生效的处理决定可以作为土地登记的依据。
