集体土地上的非居住房屋，主要是集体经营性建设用地上的经营性用房，以及农村集体经济组织以土地使用权入股、联营等形式参与的经营性用房。
因为该类房屋所在的土地依法通过出让、出租入市流转，与国有建设用地一样具有相应的市场价值，故对该类房屋不加区分统一按照征收集体土地上一般的附着物进行补偿，显然不公平、不合理，也是不科学的。对此，有的地方专门进行了明确。
如，2021年施行的《上海市征收集体土地房屋补偿规定》规定，针对集体经营性建设用地上的非居住房屋以及农村集体经济组织以土地使用权入股、联营等形式与其他单位、个人共同举办企业的非居住房屋的补偿，实行货币补偿，补偿计算公式为：房屋建安重置价+相应的土地使用权取得费用。房屋建安重置价、相应的土地使用权取得费用，由区征地事务机构委托估价机构按照征收该地块集体土地的现行标准评估。
同时该类非居住房屋补偿还应当包括设备搬迁和安装费用、无法恢复使用的设备按照重置价结合成新结算的费用、停产停业损失补偿（补偿标准由各区根据实际情况制定公布，该部分损失由区征地事务机构委托评估机构评估）。2021年施行的《南阳市中心城区征收集体土地上房屋补偿安置办法（试行）》规定，城市规划区内集体土地上的非居住房屋的补偿不仅包括房屋价值的补偿，因征收所造成的搬迁和临时安置的补偿，地上附着物、构筑物的补偿，社会保障费用，还包括因征收集体建设用地所涉及的经营手续完善的经营性用房造成的停产停业损失补偿。
上述地方人民政府的做法实际上参照了《国有土地上房屋征收与补偿条例》，将房屋本身的价值补偿、因征收所造成的设备搬迁安装和临时安置补偿、停产停业损失的补偿等都包含在内，比较科学合理，具有进步意义。
