针对未在城市规划区内的集体土地上居住房屋的补偿，一般由各征收项目根据本地实际制定具体的补偿标准，故存在一个项目一个补偿标准的现象。也有的地方并未区分是否在城市规划区内从而统一规定，如郑州市人民政府2020年发布的《郑州市人民政府关于调整国家建设征收集体土地青苗费和地上附着物补偿标准的通知》，统一规定了征收集体土地时对地上各类建筑物、构筑物（平房、楼房、厂房等）的补偿标准、过渡补助费和搬家补助费补偿标准，这样的补偿标准对城市规划区内集体土地上的居住房屋以及集体经营性建设用地上的非居住房屋而言是偏低的，不利于征地项目的推进。
为了更好地保障失地农民的权益，化解社会矛盾，各地方纷纷进行探索，比如河南省高级人民法院2020年发布的《关于审理违法征收、违法强拆类行政赔偿案件的工作指南（试行）》规定“城市规划区外农村宅基地上房屋被违法强制拆除，相应的安置补偿方案显失公平，赔偿义务机关、农村集体经济组织认可具备置换宅基地条件且赔偿请求人同意的，可判令赔偿义务机关按房屋重置价赔偿房屋价值损失；不具备房屋安置、置换宅基地条件的，在确定房屋损失货币赔偿数额时，可在补偿安置方案基础上适当上浮，上浮幅度原则上不超过安置补偿方案所定标准的百分之五十”，这样的补偿或赔偿标准具有一定的合理性。
