集体土地征收过程中对于宅基地上房屋的处置往往存在与土地相分离的情况，普遍采取的方式为在集体土地预征阶段，当涉及宅基地上房屋时，首先对宅基地上房屋进行补偿安置，被征收人通过签订农房拆迁补偿安置协议或房屋补偿安置协议等名称的协议获得补偿安置的权益，补偿安置协议中一般有两种方式，一种是异地安置，一种是货币补偿。
异地安置主要是指在异地另觅宅基地进行安置，现有房屋按重置价，主要是指重新建造与原有房屋结构、式样、质量、功能基本相同的房屋所需的费用，通俗地理解，就是被拆房屋重新建设的建筑价值（成本价）进行补偿；货币补偿主要通过市场比准价方式评估并补偿，被征收人取得补偿款购买安置房，并办理农转非手续。先行补偿安置方式是在征前将宅基地上的房屋及被征收人进行补偿安置，以使被征收地块处于净地状态，便于后续的征地活动的开展。由此带来的主要问题是补偿安置协议的签订缺乏事实和法律依据，补偿标准不统一，补偿协议的签订具有较大的随意性。实践中也存在先通过集体土地征地批复解决土地问题，再后续通过国有土地上房屋征收程序解决房屋问题的做法，其本质是将本应在集体土地征收程序中一并解决的问题割裂开来，明显违反法律规定。
货币补偿的特征
货币补偿能更准确反映被征收房屋的实际价值，特别是在一些经济比较发达的地区，采取这种方式更加普遍。征收人给付被征收人的房屋补偿价款应由法定的房地产评估机构，对被征收房屋价值作出评估，货币补偿金额不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。
货币补偿可使被征收人自主决定补偿款如何使用。被征收人可根据自己的需要，购买新的房屋或不购买房屋。得到货币补偿的被征收人有了自身直接选购住房的条件，促使开发商努力在降低成本的同时提高质量，建设适合不同档次消费需要的商品房，来稳固自己在市场中的竞争力。此外，被征收人取得拆迁货币补偿后，可根据各自家庭经济的承受能力以及不同需要，来选择适合自己地点、环境、面积等满意程度的住房。被征收人这种择房的自主性，最直接的效果就是促进了商品房消费的二、三级市场。
货币补偿将补偿安置与户口相分离，淡化了人口因素，操作简便，且一次性完成，同时方便被征收人选择住房，被征收人取得补偿款就可购买适合自己的住房，杜绝了逾期还迁问题，有利于简化征收补偿安置程序，从而减少纠纷，维护社会稳定。货币补偿有利于实现城市总体规划，改善城市环境。货币补偿中合理的安置原则和安置标准，使城市中心区人口向新区流动，降低了中心区人口密度，有利于落实城市总体规划，改善城市总体环境。
