登记机构必须明确，因为这涉及谁负责登记的问题，最直接的就是当登记发生错误被诉讼时谁是被告的问题。以前土地登记错了，市县人民政府是被告，但是房屋登记错了，只有住建部门是被告。这就是由于登记主体不同所造成的。目前我国的不动产登记主体主要包括三种形式：
一是法律规定由人民政府登记。涉及的法律主要是农村土地承包法、草原法、渔业法，涉及的权利主要有土地承包经营权、草原所有权、草原使用权、水域滩涂养殖权。根据农村土地承包法规定，县级以上地方人民政府负责土地承包经营权的登记发证工作。
根据草原法的规定，县级以上人民政府对依法确定给全民所有制单位、集体经济组织等使用的国家所有的草原进行登记发证，对未确定使用权的国家所有的草原登记造册。县级人民政府对集体所有的草原进行登记发证。根据渔业法和渔业法实施细则的规定，使用全民所有的水面、滩涂，从事养殖生产的全民所有制单位和集体所有制单位，应向县级以上地方人民政府申请养殖使用证。
二是法律规定直接由部门登记。所有房屋相关的权利均由县级以上地方人民政府房产管理部门进行审核、登记和发证。三是同一法律中既规定了政府登记，又规定了部门登记。集体土地所有权、建设用地使用权、国有农用地使用权、集体农用地使用权等权利，均由县级以上人民政府登记发证，而土地抵押权和地役权由县级以上人民政府国土资源行政主管部门登记。根据森林法规定，除国家所有的重点林区由国务院林业主管部门登记，林木抵押由县级以上林业主管部门登记以外，其他林权均由县级以上人民政府登记发证。国务院批准用海的，由国务院海洋行政主管部门登记发证；地方人民政府批准用海的，由地方人民政府登记发证。
从我国改革的具体情况来看，由作为政府部门的不动产登记机构全面承担不动产统一登记的职责较为适宜，理由如下：一是部门登记符合中央关于不动产登记职能整合的相关要求。整合房屋登记、林地登记、草原登记、土地登记的职责……分别由一个部门承担。由国土资源部指导监督全国土地登记、房屋登记、林地登记、草原登记、海域登记等不动产登记工作。从中央的要求来看，一直在强调政府部门在不动产登记中的作用。
二是部门登记符合减少审批环节，提高行政效能的改革精神。党的十八大提出，要简政放权、深化行政审批制度改革，行政体制改革要提高政府行政效率和效能。从地方建设用地使用权登记的审查实践来看，首先由经办人提出审查意见，同时还需要审查科室负责人的初审意见，然后是分管领导的审核意见，之后报政府批准同意，最后办理登记。实际审查工作均由国土部门实际承担，政府只是加盖印章，并不从事具体的审查业务。有的甚至专门将刻有“土地登记专用章”由国土局保管，由国土局负责代政府盖章，政府审查完全流于形式。因此，本着减少不必要的审批环节、提高行政效能的原则，由部门登记更加适当。
三是部门登记符合责权统一的行政原则。权责统一，就是要求行政机关在享有法定职权时，同时要承担相应的法律责任。实践中，不动产统一登记的实际审查职责都由部门完成，但是却以政府的名义对外作出具体行政行为。发生矛盾纠纷时，被诉的主体是政府，使得登记具体审查主体和责任的承担主体之间发生了分离，不利于登记机关依法履行职责。因此，由部门进行登记，更加符合权责一致原则的要求，有利于对登记行为形成监督，提高登记工作的质量。
四是部门登记符合地方改革的实践。从房地产统一登记的地方实践来看，登记机关普遍为部门。例如，市土地房屋行政主管部门负责本市土地房屋权属登记的管理工作。市房屋、土地行政管理部门负责本市房地产登记管理工作。珠海市人民政府房地产登记部门是本市房地产登记机关，负责全市的房地产权登记发证工作。
