林权争议属于因森林、林木、林地的权属归属而产生的争议。国家所有的和集体所有的森林、林木和林地，个人所有的林木和使用的林地，由县级以上地方人民政府登记造册，发放证书，确认所有权和使用权。因此，行使确权职能的有关各级人民政府应当是处理林权争议的机关。考虑到一些林业经营者的特殊情况，如中央、省直属国有林场及一些经营者经营的森林面积跨行政区域等情况，对各级人民政府受理林权争议案件的范围，应有所区别。
单位之间的林权争议，应由县级以上人民政府依法处理；个人之间、个人与单位之间发生的林权争议，应由当地县级或乡级人民政府依法处理。林权争议处理遵循的原则是，尊重历史和现实情况，有利于安定团结，有利于保护、培育和合理利用森林资源，有利于群众生产、生活。林权争议处理的机构是各级人民政府设立的林权争议处理机构。
林权争议发生后，有些林权争议，如林权证确定的权属等已清楚，但因某些原因使当事人双方对其认定不一致的，最有效的解决办法是由当事人双方，本着主动、互谅、互让的精神自行协商解决。经协商未达成协议或当事人有一方不愿协商解决的，向有处理权的林权争议处理机构申请处理。
处理程序主要是：递交有关林木、林地权属争议处理的书面申请。当事人对其提出的主张应当出具证据。首先可以由林权争议处理机构进行调解解决争议，经调解成协议的，当事人应当在协议上签字或盖章，并由调解人员署名，加盖林权争议处理机构的印章，并报同级人民政府备案；经调解未达成协议的，林权争议处理机构应当制作处理意见书，由人民政府作出决定。意见书应当载明以下内容：当事人的姓名、地址及其法定代表人的姓名、职务；争议的事由。
林权争议的诉讼程序：当事人对有关人民政府作出的处理决定不服的，可以在接到通知之日起一个月内，向人民法院起诉，由法院作出最终的裁决。应当说明，关于林权争议的处理，规定了由有关各级政府处理，即各级政府是处理林权争议的法定机关，由各级人民政府对林权争议作出处理决定是解决林权争议的法定的、必经程序。只有当事人对人民政府作出的处理决定不服，当事人才可向有关人民法院提出诉讼，由法院对人民政府作出的处理决定作出裁决。因此，有关当事人对其林权争议既不能协议选择人民法院直接处理，也不能由其任何一方直接向人民法院提起诉讼，而另一方申请有关政府作出处理。
林权争议当事人一方或双方因不服政府作出的处理决定而向人民法院提起诉讼，人民法院对这类案件的受理和审理，应当适用行政诉讼法的规定。公民、法人或其他组织对人民政府或其主管部门有关土地、矿产、森林等资源的所有权或使用权归属的处理决定不服，依法向人民法院起诉的，人民法院应作为行政案件受理。
