为进一步落实土地管理和耕地保护的责任制，明确“将新增建设用地控制指标（包括占用农用地和未利用地）纳入土地利用年度计划，以实际耕地保有量和新增建设用地面积，作为土地利用年度计划考核、土地管理和耕地保护责任目标考核的依据”。同时，强调“实际用地超过计划的，扣减下一年度相应的计划指标。”这是土地利用计划管理的又一重大改革，具体体现在以下几个方面：
一是，计划管理的思路和观念发生了转变。土地利用计划指标已经作为所有实际发生用地的控制指标，而不只是作为控制用地审批的依据，从而实现对所有用地的计划控制，以扭转只管住审批“闸门”，而审批以外的超计划用地大量存在的局面。
二是，土地利用计划指标体系逐步完善。土地利用计划的职能从单一服务于土地资源特别是耕地的保护，逐步转向同时服务于综合的宏观调控，为此，在现有计划指标基础上，补充了“新增建设用地控制指标”，除农用地（包括耕地、林地等）转用外，将非农建设占用未利用地，统一纳入计划管理，以实现对各地年度新增建设用地的总量控制，增强土地计划的整体调控作用。
三是，计划执行的监管和考核得到进一步强化。一方面，要加强土地统计监测，采用现代技术手段加强对土地规划和土地计划执行情况的监管，及时、准确掌握实际耕地保有量和新增建设用地面积；另一方面，将各地新增建设用地面积，作为土地利用年度计划考核的依据。对实际用地超过计划的，扣减下一年度相应的计划指标。
