律师观点分析
关于A公司与B公司签订的《建设工程施工合同》是否有效，案涉工程计价标准应依据《建设工程施工合同》约定的定额下浮2.6%，还是按照《补充协议1》中约定的定额下浮10%的问题。
A公司于2012年8月XX日向B公司发出《X污X水处理厂污水处理厂计价原则》，载明工程价款按照定额下浮10%计价，B公司于2012年8月XX日对该计价原则予以回复认可，表明双方对工程计价在招投标前达成合意。B公司于2012年11月XX日中标与A公司签订《建设工程施工合同》后，双方于2012年11月XX日签订的《补充协议1》对上述计价原则再次予以确认。工程验收后2013年11月B公司向A公司报送的《工程预算书》，也是按照定额总价下浮10%计价。从双方当事人缔约过程可以认定，双方通过“明招暗定”方式规避招投标，双方在中标后签订的《建设工程施工合同》，系按照定额下浮2.6%计价，并于2013年8月X日对该合同予以备案，使中标价款符合法律规定形式，以掩盖双方缔约的真实目的。根据《中华人民共和国招标投标法》第四十三条：“在确认中标前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判”、第五十五条：“依法必须进行招标的项目，招标人违反本法规定，与投标人就投标价格、投标方式等实质性内容进行谈判的，……影响中标结果的，中标无效”的规定，以及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同案件适用法律问题的解释》第一条有关中标无效情形的施工合同无效的规定，案涉《建设工程施工合同》应认定无效。前述司法解释第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”，本案工程和分部工程分别于2013年9月XX日和2015年5月XX日经验收合格，但之后通过司法鉴定发现存在质量问题，且双方实际履行的《补充协议1》约定的工程价款数额，体现了双方当事人对工程价款一致的意思表示，其作为结算工程价款的参照标准，更符合本案的实际情况及诚实信用原则。A公司主张按照定额下浮10%结算工程价款，理由充分，应予以支持，应以按照《补充协议1》鉴定的工程造价为3272.106428万元来确定涉案工程的价款。由于A公司已支付工程款2236.238768万元，合同约定工程竣工结算审计后付至95%，剩余5%作为质保金，工程的质保期为两年，另外鉴于涉案工程经鉴定确实存在部分质量问题，质保金应暂时予以扣留，金额为163.6053万元（3272.106428万元×5%），故A公司应支付剩余工程款的金额为872.26236万元（3272.106428万元-2236.238768万元-163.6053万元）。
