法律分析：根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定:在房屋被征收时，被征收人可以选择货币补偿方式，也可以选择房屋产权调换的补偿方式。对于在被征收的房屋上设定抵押权的，会根据被征收人所选择的补偿方式的不同而采用不同的处理方式。《民法典》规定：“担保期间，担保财产毁损、灭失或者被征收等，担保物权人可以就获得的保险金、赔偿金或者补偿金等优先受偿。被担保债权的履行期未届满的，也可以提存该保险金、赔偿金或者补偿金等。”同时，《城市房地产抵押管理办法》也明确规定：“因国家建设需要，将已设定抵押权的房地产列人拆迁范围的，抵押人应当及时书面通知抵押权人；抵押双方可以重新设定抵押房地产，也可以依法清理债权债务，解除抵押合同。”根据上述规定可知，在被征收房屋上设定抵押权的，如果被征收人选择货币补偿，那么被征收人所获得的补偿款，债权人可以优先受偿。在债权的履行期限没有届满时，也可以将补偿金提存。如果被征收人选择的是房屋产权调换的补偿方式，那么抵押合同的双方当事人可以重新设定抵押的房产，被征收人也可以通过清偿债务的方式解除抵押合同，使债权人的抵押权消灭。所以，您选择的方式不同，房屋抵押权的处理也是不同的，但对您被征收的房屋进行的补偿是不会因此而受到影响的。

法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十一条　被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。

被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。

因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。

《城市房地产抵押管理办法》

第三十八条　因国家建设需要，将已设定抵押权的房地产列入拆迁范围的，抵押人应当及时书面通知抵押权人；抵押双方可以重新设定抵押房地产，也可以依法清理债权债务，解除抵押合同。

《中华人民共和国民法典》

第三百九十条　担保期间，担保财产毁损、灭失或者被征收等，担保物权人可以就获得的保险金、赔偿金或者补偿金等优先受偿。被担保债权的履行期限未届满的，也可以提存该保险金、赔偿金或者补偿金等。