法律分析：虽然办理了房屋抵押登记，但是该房产证仍由抵押人进行保管。根据《城市房地产抵押管理办法》第三十四条的规定，以依法取得房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。也就是说即使房屋办理了抵押登记，该房产证仍应由抵押人进行保管，银行作为抵押权人，可以在原《房屋所有权证》上做他项权利记载，以维护自身合法权益。因此依照上述规定，即使您新购买的房屋办理了抵押登记，但是该房屋所有权证仍由您进行保管，而不是交由抵押权人即银行进行保管。

法律依据：《城市房地产抵押管理办法》

第三十四条　以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。

以预售商品房或者在建工程抵押的，登记机关应当在抵押合同上作记载。抵押的房地产在抵押期间竣工的，当事人应当在抵押人领取房地产权属证书后，重新办理房地产抵押登记。