这个是一个有争议或存在不同判决情况的问题。
1、离婚时，双方对尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋有争议且协商不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。当事人就前款规定的房屋取得完全所有权后，有争议的，可以另行向人民法院提起诉讼。
也就是说，如果权属不明，暂时不予处理。这是最保守的做法。
2、所有权判不了，可以判使用权归谁，这个和深圳的小产房是一样的处理方式。
也就是说，在司法实践中，对于没有产权证的自建房，双方协商不成的，离婚时，法院原则上不处理产权问题，会告知双方待权属确定后再另寻途径解决。但是，考虑房屋使用价值，法院会根据实际情况判决归哪一方使用，另一方得到使用价值的补偿。也有一种是房屋有好几层的，在不影响各方使用的情况下，各自分得那几层的使用权等等。
