(1).生产、栽培环境(水质、空气)质量的影响。
环境质量尤其是空气或水分中的有害微生物和污染物质的含量不仅影响食用菌生长发育，更重要的是影响食用菌产品的质量。
食用菌不同于绿色植物，其呼吸作用是吸收氧气、放出二氧化碳，食用菌分解基质中的有机物质依靠氧化作用完成，空气中氧的含量为21%(体积比)，二氧化碳的含量为0.03%，食用菌生长发育正常，过高浓度的二氧化碳直接影响到食用菌的呼吸作用。例如，平菇子实体生长发育阶段当菇房中CO2高于0.1%时，菌柄伸长，菌盖发育受阻;严重者形成菜花状。
水分不仅是食用菌的重要组成，而且是新陈代谢、吸收营养必不可少的基本物质。水分的影响包括两方面，一是基质中的含水量，主要影响菌丝体的生长;二是空气相对湿度，只有在较高的相对湿度下(一般为80~90%)，子实体才能正常生长发育，但静止的高湿，则导致二氧化碳和其它有害气体的累积，不利于子实体的生长发育，且容易引起细菌性斑点病的蔓延，导致子实体腐烂。
空气或水分中的污染物质的含量也是直接影响产品质量的因素之一。由于食用菌生长发育所需要的营养条件和环境条件，不仅适合食用菌菌丝体的生长，也同样适合杂菌和害虫的滋生，如不采取必要的预防措施，不重视生态环境的控制，很容易造成杂菌、害虫大量发生，特别是一些有害微生物的污染，直接影响产品的产量和质量。
(2).病虫害防治技术
食用菌产品在生产和仓储的过程中病虫害主要有以下几方面：①培养基杂菌感杂。在生产过程中，在菌床和菌棒的培养基上感染各种竞争性杂菌(如胡桃肉状菌、鬼伞等和各种霉菌如绿霉、青霉、曲霉、木霉等)，这些杂菌在培养料中同食用菌争夺养料、水分，占据出菇面积，有的还能分泌毒素，抑制菌丝的生长和影响子实体的形成。②子实体的病害。在子实体的生长发育过程中，许多的病原微生物，包括真菌、细菌、病毒和线虫对子实体侵染，造成侵染性病害，使菌丝体萎缩死亡，被侵染的子实体出现畸形、斑点、发臭、霉烂、猝倒或萎缩死亡等症状，降低商品价值，严重时可造成显著减产甚至绝收。③食用菌生产中的虫害。在食用菌的生产过程中经常受到菇蝇、菇蚊、螨类、跳虫、蛞蝓、吉天虫、蓟马、白蚁等害虫的危害，食用菌上害虫、螨类，在培养料中生长、繁殖并吞噬菌丝体，使菌丝不能定植，或使菌丝体萎缩死亡，或直接啃食子实体，使子实体变得残缺不全，或枯萎死亡，有的还能传播病害。④食用菌仓储中的虫害。食用菌仓储虫害主要指干制的香菇、木耳，在贮藏过程中会遭致多种害虫的蛀食，直接造成经济损失。常见的仓储害虫有粉斑螟、谷蛾、谷盗、露尾虫、鱼儿虫、烟草虫等。
防止食用菌病虫害的危害，要采取“预防为主，综合防治”办法，但目前有的生产者为了尽快消除病虫害，常常忽视了农药残毒对产品质量的影响，仍使用一些杀菌剂和杀虫剂，以及不适当的药剂施用方法，将导致农药残留残毒污染较为严重。近年来，我国食用菌产品因农药残留导致出口受阻的事件常有发生。如食用菌栽培中现在用得多的要算敌敌畏和多菌灵、化学药物消毒剂等农药，其中敌敌畏属有机磷杀虫剂，多用于防治菇房内、菌床上菇蝇、菇蚊等害虫危害，还兼有杀螨的作用，选择适宜的喷洒浓度和喷洒方式，残效期短，不会给菇品造成质量影响。多菌灵在食用菌生产中，多以拌料的方式加入，防止杂菌产生，由于其分子结构中含有苯环物质，具有相当的稳定性，一般要在300℃下才能分解。甲醛与高锰酸钾配合使用常用于培养室、出菇室消毒。对这些农药使用方法不当，常导致食用菌产品中出现农药残毒，重金属元素超标的现象，直接影响食用菌产品的质量，影响人们的健康。
(3).原料选择及栽培方法
培养基原料的选择及配比是食用菌生产中第一关键，选择优质、低毒的栽培原料是保证菇品质量的第一步。食用菌的生长发育需要一定的营养条件，即需要碳素、氮素、矿质营养，这些营养成份的来源于培养基，因此，食用菌栽培过程中，许多化学元素会随培养料进入栽培系统中，培养基中的金属离子随着菌丝的生长发育被吸附或转移，从而造成有害金属过量，并在菌类子实体中富集，超过一定限量，就会对人体构成危害。因此，栽培过程中原料的选择，辅料的添加，均应在考虑安全生产的前提下进行操作。
培养基的灭菌或发酵是对栽培原料的处理，处理方法是否适当也直接影响食用菌的产量和质量。出菇的管理技术，特别是菇棚温度、水分、通气状况均直接影响菇品的质量。
(4).产品的包装、贮藏和产品的销售
从菌床上采摘的鲜菇，其生理活动并未中止，在某些酶(如多酚氧化酶)的作用下，能促进菇体组织内的化学转化，产生变褐、液化、失水并丧失固有的鲜味和香味;寄居在菇体表面的各种微生物就会繁殖生长，还可能产生软腐、恶臭，甚至有毒物质。因此，食用菌产品，特别是鲜产品如不采取必要的保鲜、贮存技术，较之其它蔬菜更加容易腐烂变质，使品质下降，风味变劣，甚至失去食用菌价值。食用菌在保鲜、贮藏过程中，需要采用各种工具、容器和包装材料，其中以保鲜及加工、贮藏等过程中子实体接触塑料制品为最直接，因此，塑料制品中的有害物质，也很容易影响到包装袋(盒)内的子实体的质量。
(5).加工方法对产品质量的影响
加工过程中，加工方法不当，有害微生物的污染，食品添加剂的污染，均将直接影响到产品的质量。如传统的菇品干制的方法是日光下暴晒或炭火上烘干，产品难于达到规定的质量标准，近年来出现的热风干燥、远红外线干燥、真空冷冻干燥等方法，干澡速度快，效率高，质量好。菌类盐渍加工是利用食盐溶液来腌制各种食用菌的一种加工方法，简便易行，特别是对于那些不适于干制的菇类来说，尤其有用，但在产品在盐渍过程和贮藏期间，常会发生菌体变黑甚至腐烂发臭的现象。近年来用菇类制作的各种快餐食品、风味食品、旅游食品、保健食品正蓬勃兴起，在这些产品的加工过程中的某一个环节上的疏忽，都将影响到最终产品的质量。
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